ADC Pool 漏斗 Level 01 定义与执行契约（contract-only，未执行）

docs/handoff/2026-08-04-adc-pool-level-01.zh-CN.md

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+# Handoff：ADC Pool 漏斗 Level 01 定义与执行契约
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+- 日期：`2026-08-04`
+- 任务分支：`task_20260804_adc-pool-level-01`
+- 基线：`main` @ `e7092d5`
+- 来源：`Zhixins-KB/2.Biotech/Asset-Generation-OS-architecture.md` 的 `# ADC pool漏斗gating`（第 2–602 行，只读取，未修改）
+- 交付物类型：**contract-only**
+- 外部运行：**无。本次没有执行任何外部运行，没有产生任何候选、pair、disposition、排序或推荐。**
+- 架构变更：`NO_ARCHITECTURE_CHANGE`（依据是 diff 范围，可由 `git diff --stat` 核验；见第六节）
+- 审核状态：等待 ChatGPT `APPROVE`。**本 PR 不适用 `AGENTS.md`「审核豁免」。**
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+## 一、本次范围
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+人类负责人的指示是：读取来源文档的 ADC pool 漏斗 gating 一节，开始构建 ADC Pool，**先做 Level 01，审核完了再做下一个**；核心原理是先用一些 gate 锁定漏斗的最大可能性集合，再逐级加层、加入新 gate 逐级下筛；**每一个 Level 用了什么 gate 都要记录下来**，且先用最低成本的高可信 gate，较难的 gate 放到后面。
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+本次交付 Level 01 的**定义与执行契约**，不执行 Level 01。这个先后顺序是 2026-08-04 对 PR #53 与 #54 的审核裁决所要求的：先用 contract-only PR 预先冻结范围、语义、证据标准与输出验证，获 `APPROVE` 后再运行，重跑产物才是被接受的产物。本 PR 就是 Level 01 的那个前置契约。
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+候选池本身是数据，按仓库硬边界必须留在外部工作区；本仓库只冻结判据身份、顺序与语义。
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+## 二、仓库内交付了什么
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+三个文件，全部数据自由（data-free）：
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+| 文件 | 作用 |
+|---|---|
+| `docs/pools/ADC_POOL_FUNNEL_LEVEL_01.zh-CN.md` | Level 01 的完整定义与执行契约（面向操作者，中文） |
+| `docs/pools/adc_pool_gate_usage.yaml` | **每层用了什么判据的权威机器可读记录**，即人类负责人要求「记录下来」的那份记录。每新增一层在 `levels` 下追加一个条目 |
+| `tests/test_adc_pool_gate_usage.py` | 23 项校验，把上面那份记录钉在冻结的 45-Gate 拓扑与 `CandidateFilterResult` 语义上 |
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+## 三、Level 01 的核心结论
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+**Level 01 运行的 Gate 数量是零。** 它只运行三把 eligibility lock，产出 `CandidateFilterResult`——按契约明确不是 Gate 结果。三把锁各自借用一个 Gate 的**职责**，但都不构成该 Gate 的 PASS。
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+| 顺序 | Lock | 粒度 | 借用职责 |
+|---|---|---|---|
+| 1 | `LOCK-02` crc_clinical_context_eligibility | clinical context 级 | `clinical_context_endpoint`（T0，`low`） |
+| 2 | `LOCK-01` target_identity_eligibility | target 级 | `tumor_cell_surface_availability`（T7，`medium`） |
+| 3 | `LOCK-03` target_context_linkage_existence | pair 级 | `target_population_mapping`（T2，`medium`） |
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+Level 01 产出三个对象（见第四节决策 6）：`Raw Enumeration Matrix`、`Eligible Universe Index`、`Pool Level 01`。未录入 active pool 的 pair 不删除，留在 Eligible Universe Index，状态为 `reactivation-eligible`。
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+## 四、关键设计决策
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+**1. 把「成本」定义为每淘汰一个候选的边际成本，而不是 catalogue 的 `cost_tier`。**
+边际成本由判据的作用粒度决定：淘汰一个 clinical context 一次性移除候选矩阵的一整列，淘汰一个 target 移除一整行，pair 级判据每次只处理一格。因此顺序必然是 context 级 → target 级 → pair 级。这与来源文档第四节给出的 Level 01 顺序独立地一致，并解释了它为什么对。该约束由 `test_locks_run_cheapest_granularity_first` 机械保证，顺序退化即失败。
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+**2. 明确「便宜本身不够，必须同时具备否决力」。**
+这条来自实测反例而非推理：45 个 Gate 中 `cost_tier = low` 的只有 7 个——T0 与 C40–C45。`competitive_position_entry_window`、`patent_landscape`、`preliminary_technical_fto` 全是 `low`，**比 T2／T7／T11 的 `medium` 更便宜**；但来源文档第二节明确竞争拥挤不得单独 KILL（已有成功竞争者同时也是靶点与 modality 可行的证据）。所以它们尽管最便宜也不能排在最前。完整表述是：**在阴性结果具有否决力的判据里，先跑边际成本最低的那个。**
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+**3. 每个锁输出必须同时记录 `disposition_semantics`、`resulting_state` 与 `evidence_state`。**
+`CandidateDisposition` 只有三值，无法区分两种性质完全不同的 EXCLUDE：`EXCLUDE_DEFINITIONALLY_INELIGIBLE`（`killed`／`superseded`，不可复活）与 `EXCLUDE_FROM_ACTIVE_POOL`（`reactivation-eligible`，非科学证伪）。只写 disposition 会丢信息，所以 13 个 outcome 全部同时写这三个字段，并登记为 `GAP-P04`。
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+**4. 每个 EXCLUDE 都必须写明排除依据与语义，且只有两类依据允许排除。**
+Level 01 的错误偏好是召回优先。允许排除的只有：定义性不合格（`not_surface_target` 纯胞内蛋白不可能是 ADC 靶点、`redundant_context` 可判定的集合包含关系），以及**完整检索后确证无关联**（`no_known_linkage_after_complete_search`，语义仅限移出 active pool、强制 `reactivation-eligible`）。由 `test_every_exclusion_declares_its_basis`、`test_only_a_completed_search_may_remove_a_pair_from_the_active_pool` 与 `test_definitional_exclusions_are_never_reactivation_eligible` 三项强制。
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+**6. Level 01 产出三个对象，而不是两个。**
+只分 Universe Index 与 Pool Level 01 会让计数失去唯一的 denominator——被判 `not_surface_target` 的靶点按定义已不属于「合格 surface targets」。因此拆成 `Raw Enumeration Matrix`（raw × raw，可含被排除项）、`Eligible Universe Index`（eligible contexts × eligible targets）、`Pool Level 01`（pair 级 `active`／`hold`／`reactivation-eligible`），状态词表按 context／target／pair 三种粒度分开，`killed` 与 `superseded` 属资格审计历史、不参与 pair 级对账。五条计数恒等式 `CNT-01`..`CNT-05` 由测试在算例上实际求值验证。
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+**5. `DEVIATION-01`（唯一的实质偏离，明示待审核方裁决）。**
+来源文档把 weak 与 redundant 合成一个 `weak_or_redundant_context` 输出，本契约拆成 `redundant_context`（EXCLUDE）与 `weak_context`（DEFER）。理由：`redundant` 可判定，`weak` 是价值判断；若合并并映射为 EXCLUDE，本层就会因价值判断丢候选，直接违反它自己声明的错误偏好。明示以便审核方接受或否决，而不是静默改写来源文档。
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+## 五、对照仓库实测得到的发现
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+**发现 1（高）：在不运行 T1 的前提下，Level 01 在结构上不可能产生一个合法的 T7 结果。**
+实测依赖链为 `tumor_cell_surface_availability → target_population_mapping → {clinical_context_endpoint, endpoint_driving_population}`。来源文档第五节明确 T1 不适合作 Level 01–03 的普遍筛选器，而冻结拓扑要求按依赖顺序执行、不得跳过前置 Gate。所以把三把锁写成 `CandidateFilterResult` 不是图省事，而是唯一与冻结拓扑相容的表达方式。这给来源文档「Level 01 不要跑完整 Gate」的设计取舍补上了一个硬理由。
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+**发现 2（高，属 Level 02，登记为 `GAP-P05`）：既有内核与来源文档在 Level 02 的 Gate 顺序上直接冲突。**
+`src/capabilities/early_t_gate_reduction.py` 的 `EarlyReductionSchedule.__post_init__` 硬性要求 `gate_ids[:2] == (target_population_mapping, tumor_cell_surface_availability)`，即 **T2 必须先于 T7**；而来源文档第四节要求 Level 02 **先跑 T7**。二者不能同时成立，必须在定义 Level 02 时解决。现在登记，避免下一层重新发现。
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+**发现 3（中，属 Level 02，登记为 `GAP-P06`）：`EARLY_REDUCTION_GATE_IDS` 只含 T2/T7/T8/T9/T10/T11，不含任何 C Gate**，故来源文档 Level 02 的 C2/C4/C5 quick scan 无法通过既有能力调度。
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+**发现 4（中）：Level 01 的三把锁不需要任何新契约。**
+对照实际文件得到的对应关系：锁结果 → `CandidateFilterResult`（`filter_id` 承载 lock id）；三值 → `CandidateDisposition`；未评估／未解决 → `EvaluationStatus`；clinical context → v5 `AnchorClinicalContext` + `IntendedBenefitHypothesis`；「至少一项 linkage 证据」→ `TargetCandidateGenerationPolicy.minimum_distinct_positive_evidence_groups`；笛卡尔积上限 → `maximum_candidates_per_clinical_frame` 与 `candidate_budget`；证据出处 → `EvidenceRecord`。
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+**发现 5（中）：契约层已经禁止「模型单独生成候选」。**
+`TargetCandidateGenerationPolicy.__post_init__` 对 `permit_model_only_generation` 与 `permit_rule_only_generation` 一律抛错。这正是 PR #53 被阻断的那一点，已经是契约级强制，不只是 policy 约定。本契约据此把「模型领域知识单独不足以录入一个 pair」写入证据标准。
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+**发现 6（低）：`filter_policy_ref` 必须是 `external:`**，因此锁的具体数值门槛按契约设计属于外部 policy。本仓库只冻结判据身份、顺序与语义，这是设计使然而非让步。
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+## 六、架构影响
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+本 PR 改动五个文件：上述三个 + 本 handoff + 一条 `logs/worklog.md`。
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+未触碰：`src/`、`src/contracts/`、`genmodules/`、`genmodules/assetgenos_catalog/`、`extensions/`、`docs/architecture/`、`AGENTS.md`、`prompts/`。未新增 Gate、未改 45-Gate 拓扑与身份、未改四阶段生命周期、未改八类核心对象、未改 `GateInputEnvelope@2.0.0` 与 `GateModelOutput@2.0.0`、未改任何 Model 或 Profile。可由 `git diff --stat main...HEAD` 核验。
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+据此本 PR 不构成架构变更，不消耗 2026 年 8 月的月度架构修复额度。第七节的六条缺口确实是架构问题，**它们仍未解决**，需要独立任务与额度；执行者不代为裁决。
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+## 七、已记录但未解决的缺口
+
+| ID | 缺口 | 影响层 |
+|---|---|---|
+| `GAP-P01` | 内核没有 pool level 身份或层级快照对象 | 01 |
+| `GAP-P02` | 内核没有 `active`／`hold`／`killed`／`superseded`／`reactivation-eligible` 这组 pool 生命周期状态 | 01 |
+| `GAP-P03` | 内核没有与 Pool Level 01 相区分的 Universe Index 对象 | 01 |
+| `GAP-P04` | `CandidateDisposition` 三值不足以表达四值 lock 输出、Level 02 五值输出，以及「未录入但可复活」 | 01 |
+| `GAP-P05` | `EarlyReductionSchedule` 强制 T2 先于 T7，与来源文档 Level 02 冲突 | 02 |
+| `GAP-P06` | `EARLY_REDUCTION_GATE_IDS` 不含任何 C Gate | 02 |
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+## 八、明确没有做什么
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+- **没有执行 Level 01。** 没有枚举 clinical context、没有枚举 target、没有生成任何 pair、没有给出任何 disposition、没有排序、没有推荐。
+- **没有定义 Level 02 与 Level 03。** `defined_levels` 只有 `"01"`，由测试断言与 `levels` 条目一致。来源文档第八节的 Level 02／03 Gate 清单只作为 `GAP-P05`／`GAP-P06` 的上下文被引用，未被冻结为定义。
+- **没有实现第七节的六条缺口**，也没有为了让 Level 01「看起来完整」而私自扩展 `CandidateDisposition` 或新增 pool 生命周期枚举。
+- **没有使用被隔离运行的任何产物。** PR #53 与 #54 的两次外部运行仍是 `UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED`，其 20 个 unmet-need 场景、45 个靶点、Tier A 选择、payload 结论、Seed Admission Standard 与靶点 disposition **一条都没有被引用为输入或依据**。
+- **没有修正一处已发现的无关缺陷。** `requirements.txt` 的注释写「the full suite (207 tests)」，实测为 228。这属于本次范围之外的改动，按第 25 条不在本 PR 内顺手改；此处记录，留待相关 PR 处理。
+- 没有创建仍然欠着的两个 contract-only PR（#53 上游 CRC clinical frame 的、Playbook 六模块的），也没有补 #53／#54 的批准记录。二者都是独立范围。
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+## 九、验证结果
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+- `Ran 251 tests` 全部通过（`main` 基线 228 + 本次新增 23）。
+- `scripts/verify_repository_boundary.sh`：`Repository boundary check passed.`
+- `git diff --check`：通过。
+- 零 `__pycache__`（全程 `PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1`）。
+- **新增测试做过变异检验**，不是只看绿灯。首轮 5 个 + 复审轮 10 个，共 15 个变异各自被捕获、随后精确回滚，回滚后与备份 `diff -q` 一致、测试恢复 `OK`。首轮：`borrowed_gate_cost_tier` 由 `low` 改 `medium`、允许 RNA 满足 `LOCK-01`、从 `gates_not_run` 删掉 `transaction_readiness`、把 pair 级锁 `run_order` 提到第一、删掉一个 EXCLUDE 的 `exclusion_basis`。复审轮见第十二节。
+- 数值对账：`snapshot_columns` 31 列、`gates_not_run` 45 项、3 把锁 13 个 outcome、5 个 pool object、5 条计数恒等式、6 条缺口、catalogue 中 `cost_tier = low` 的 Gate 7 个——全部由脚本实测，不是估计。
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+## 十、当前阻断
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+- `BLOCK-01`：本契约获 ChatGPT `APPROVE` 前，**不得执行 Level 01**。
+- `BLOCK-02`：`LOCK-02` 需要一份 CRC clinical context 清单，而目前唯一的枚举来自被隔离的 PR #53 运行，按裁决不得作为任何后续工作的输入。**因此即使本契约获批，Level 01 仍不能执行**，必须先按裁决重跑 CRC clinical frame 并被接受。这是隔离裁决的直接后果，此处明示而非绕过。
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+## 十一、请审核方重点看的三点
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+1. `DEVIATION-01` 是否接受：把来源文档的 `weak_or_redundant_context` 拆成 `redundant_context`（EXCLUDE）与 `weak_context`（DEFER）。**已于第一轮审核获接受。**
+2. 第六节的 `NO_ARCHITECTURE_CHANGE` 判断是否成立。这一次的依据是 diff 范围而非推导结论，与 PR #54 被降级的那个断言性质不同；若仍认为它只能是待审假设，请指出。
+3. `BLOCK-02` 的处理是否正确：Level 01 的定义可以先冻结，但执行必须等 CRC clinical frame 重跑被接受。
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+## 十二、第一轮审核裁决与修订（`REQUEST_CHANGES`，2026-08-04）
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+ChatGPT 对 PR #57（HEAD `0e39ef5`）返回 `REQUEST_CHANGES`，两条阻断**全部接受**。两条都会改变实际运行语义，不是文字问题。已在同一 PR 内做最小修订，未夹带任何无关改动。
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+### 阻断 1（接受）：`no_known_linkage` 的 disposition 与证据标准自相矛盾
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+契约同时写着「证据缺失一律 DEFER，永不 EXCLUDE」和 `absent_evidence_may_exclude: false`，却又把 `no_known_linkage` 定为 EXCLUDE。这是同一契约内的直接矛盾。审核方指出的后果是实质性的：「没有发现 linkage」混合了「尚未充分检索／未评估」与「已完成规定范围检索仍无发现」两种完全不同的情况，执行者可以任选一种编码，**直接影响 Pool Level 01 的规模**。
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+修订如下：
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+- `LOCK-03` 的 outcome 由 3 个拆成 4 个，并给每个 outcome 增加 `evidence_state` 字段：
+  - `linkage_unassessed`（`not_assessed`）→ DEFER／`hold`
+  - `linkage_evidence_missing`（`absent_incomplete_search`）→ DEFER／`hold`（新增）
+  - `no_known_linkage_after_complete_search`（`absent_after_complete_search`）→ EXCLUDE／`reactivation-eligible`（由 `no_known_linkage` 更名并收紧）
+- 明确该 EXCLUDE 的语义只能是 **`EXCLUDE_FROM_ACTIVE_POOL`**，并写入 `is_scientific_disproof: false`、`is_killed: false`、`retained_in_eligible_universe_index: true`。
+- 该 outcome 必须附六项检索完整性记录才允许输出：`search_complete`、`search_policy_ref`、`source_coverage_ref`、`search_scope`、`searched_at`、`search_policy_version`。**缺任何一项即必须退回 `linkage_evidence_missing`（DEFER）。** 快照相应新增 6 列（25 → 31）。
+- `evidence_standard` 显式列出 `absent_evidence_states: [not_assessed, absent_incomplete_search]`，并把「完整检索后无发现」单独列为不属于证据缺失的一类。
+
+按审核方给出的验收标准新增测试：`test_missing_or_unassessed_evidence_can_never_exclude`（缺失与未评估都不能 EXCLUDE）、`test_only_a_completed_search_may_remove_a_pair_from_the_active_pool`（只有完整检索才允许该 outcome，且六项字段齐备）、`test_completeness_fields_are_carried_by_the_snapshot`、`test_definitional_exclusions_are_never_reactivation_eligible`（定义性排除不得被当成可复活，反向亦然）。
+
+### 阻断 2（接受）：Universe Index 的定义与计数公式不一致
+
+原公式把 `killed`（含 `not_surface_target`）与 `superseded`（含 `redundant_context`）算进 Universe Index 的 pair-state 总和，但被判 `not_surface_target` 的靶点按定义已不属于「合格 surface targets」。**结果是 context 级资格结论、target 级资格结论与 pair 级池状态被混进同一个总和，运行时得不到唯一正确的 denominator。** 这条我原先没看出来，审核方是对的。
+
+修订如下：
+
+- 拆成三个对象：`Raw Enumeration Matrix`（raw contexts × raw targets，**可以**含 `undefined_context`／`redundant_context`／`not_surface_target`／`identity_unresolved`）、`Eligible Universe Index`（eligible contexts × eligible surface targets）、`Pool Level 01`（pair 级 `active`／`hold`／`reactivation-eligible`）。另加两份资格审计产物，共五份，不得合并成一张表。
+- 状态词表按粒度分开：context 级 `eligible`／`hold`／`superseded`；target 级 `eligible`／`hold`／`killed`；pair 级 `active`／`hold`／`reactivation-eligible`。原来那份混合的五值 `pool_states` 已删除。
+- **`killed` 与 `superseded` 明确不参与 pair 级对账**，写入 `excluded_from_pair_reconciliation`。
+- 五条计数恒等式 `CNT-01`..`CNT-05` 写成机器可读形式（`lhs` + `rhs_product`／`rhs_sum`），测试**在算例上实际求值**，不是只检查字段存在：`test_counting_identities_are_consistent_on_a_worked_example`、`test_superseding_a_context_removes_exactly_one_column`（context 被 superseded 时 Eligible Universe Index 恰好减少 `|eligible_targets|`，Raw Matrix 不变）、`test_killing_a_target_removes_exactly_one_row`（恰好减少 `|eligible_contexts|`）、`test_pair_reconciliation_excludes_killed_and_superseded`。
+- `GAP-P03` 与 `GAP-P04` 的表述据此更新：三对象结构与两种 EXCLUDE 语义目前只能靠外部编码约定表达，**仍是未解决的契约缺口**，没有在本 PR 内实现。
+
+### 复审轮的变异检验
+
+10 个变异全部被捕获，随后精确回滚，回滚后与备份 `diff -q` 一致、测试恢复 `OK`：把 `linkage_unassessed` 改成 EXCLUDE、把 `linkage_evidence_missing` 改成 EXCLUDE、把完整检索排除的 `resulting_state` 由 `reactivation-eligible` 改成 `active`、把它声明为科学证伪且 `is_killed: true`、删掉一项检索完整性字段、删掉快照里一列检索完整性列、把 `killed_targets` 混进 `CNT-03` 的求和、把 `CNT-02` 的乘数由 `eligible_contexts` 换成 `raw_contexts`、把资格审计对象声明为产生 pair 状态、给 target 级 outcome 赋一个 pair 级状态值。
+
+### 审核方认可、本轮未改动的部分
+
+Level 01 运行零个正式 Gate、`CandidateFilterResult` 不构成 Gate PASS、三把锁按 context → target → pair 的粒度顺序、endpoint 不在 Level 01 锁死、Universe Index 与 evidence-linked active pool 需要区分、`DEVIATION-01` 获接受、45 个 Gate 全列为 `gates_not_run`、P Gate 未提前运行、数据与结果留在仓库外、contract-only PR 不授权执行 Level 01、被隔离的 #53 产物未被重新作为输入。
+
+### 审核回写状态
+
+审核方尝试通过 GitHub 连接器提交正式 `REQUEST_CHANGES` review，连接器返回 403，未写回 GitHub。裁决内容以人类负责人转述为准，已完整记录于本节与 `logs/worklog.md`。