StelligenOS

StelligenOS 是一个 biotechnology asset operating system 的实现仓库。

这个仓库只保存操作系统的一种实现、架构契约、运行 Prompt、脚本、代码和少量必要说明。 它不是操作系统本体，也不是数据库。

仓库边界

• 允许放入：架构文档、Prompt、Schema、脚本、代码、参考文档，以及少量受控示例材料。
• 允许的示例材料包括：reference examples、toy examples、report templates、demo assets、golden test cases。
• 禁止放入：large datasets、raw sequencing、intermediate files、caches、outputs、temporary artifacts、data-bearing working files。
• 所有数据和数据处理必须放在仓库外部的工作区。

本地运行验证

需要 Python 3.11 或更新版本（src/lifecycle/state_machine.py 使用 enum.StrEnum）。

python3 -m pip install -r requirements.txt

# 单元测试。PYTHONDONTWRITEBYTECODE 是必须的：
# __pycache__ 会被 boundary check 判为运行产物。
PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_*.py'

bash tests/test_git_sync.sh            # 需要 rg（ripgrep）
bash scripts/verify_repository_boundary.sh
git diff --check

依赖只有 PyYAML。genmodules/ 下 pipeline 代码引用的 dagster、anarci、abnumber、 biopython、ImmuneBuilder 不是本仓库的依赖，属于外部受控运行环境；原因见 requirements.txt 注释。

.github/workflows/ci.yml 在 Python 3.11 与 3.12 上独立复核以上全部检查。

当前阶段

• Phase 0 已完成
• Phase 0.5 已完成
• Phase 1 已完成并合并
• Phase 2 已建立核心对象、状态机和外部 Knowledge Ledger 边界并合并
• Phase 3 已建立 AssetGenOS Gate 合同边界并合并
• Phase 4 已建立 Opportunity Generation 外部能力合同并合并
• Phase 5 已建立两条 Binder/ADC 生成路线的外部合同并合并
• Phase 6 已建立 IP/FTO、Due Diligence 和 Portfolio 外部合同并合并
• Phase 7 已建立端到端闭环和 TWEAKR 外部示范引用合同并合并
• Phase 8 已冻结架构并建立发布与后续开发规范

关键入口

• architecture.md
• docs/architecture/contract.zh-CN.md
• docs/architecture/CURRENT_SYSTEM_AND_MODULE_LOGIC_FOR_EXPERT_REVIEW.zh-CN.md
• docs/architecture/versions/README.md
• extensions/README.md
• extensions/BACKLOG.zh-CN.md
• docs/architecture/capabilities.zh-CN.md
• docs/architecture/lifecycle.zh-CN.md
• docs/architecture/legacy_inventory.zh-CN.md
• prompts/system/STELLIGENOS_MIGRATION_MASTER_PROMPT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_0_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_0_5_REPORT.zh-CN.md
• logs/worklog.md
• ChatGPT-Codex-talk.md
• AGENTS.md
• LINKS.md
• scripts/verify_repository_boundary.sh
• scripts/git_sync.sh
• requirements.txt
• .github/workflows/ci.yml
• src/README.md
• genmodules/README.md
• docs/phases/PHASE_1_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_2_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_3_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_4_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_5_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_6_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_7_REPORT.zh-CN.md
• docs/phases/PHASE_8_REPORT.zh-CN.md