Este curso intenciona oferecer uma introdução básica aos conceitos e técnicas de Morfometria Geométrica, de maneira a instrumentar o aluno na execução de projetos vinculados à esta abordagem, desde a coleta de dados até as análises estatísticas e apresentação de resultados.
Devido ao caráter teórico-prático do curso, uma série de exercícios serão propostos. Todos estes exercícios são propostos dentro do ambiente de programação estatística R, que possui todas as ferramentas necessárias para conduzir um projeto baseado em Morfometria Geométrica.
Responsáveis
- Bárbara Costa (tafinha@gmail.com)
- Daniela Rossoni (daniela.rossoni@gmail.com)
- Guilherme Garcia (wgar@usp.br)
Inicialmente, você deve instalar o R no seu computador. Você pode encontrá-lo no sítio http://www.r-project.org, e lá existem instruções (em inglês) para instalá-lo em vários sistemas operacionais diferentes. Em suma, vá a um dos espelhos do Comprehensive R Archive Network (CRAN), por exemplo http://brieger.esalq.usp.br/CRAN/, e siga os links de download para Windows, MAC OS ou Linux e instale o pacote referente ao seu sistema operacional. Usuários de Linux provavelmente possuem um gerenciador de pacotes instalado em seu sistema, como por exemplo apt ou yum, que podem também ser utilizados para a instalação.
A instalação básica do R no Windows ou MAC OS providencia uma interface básica para execução de rotinas; no entanto, recomendamos a instalação do R Studio, uma interface bastante intuitiva para utilizarmos o R. Esta interface pode ser encontrada no sítio http://www.rstudio.com para Windows, MAC OS ou Linux.
O curso foi pensado para pessoas que não são familiarizadas com o R; não esperamos que você seja, a princípio, capaz de escrever rotinas na linguagem. Os exercícios propostos se baseiam em rotinas prontas, uma para cada aula, de modo que estes exercícios consistem em executar estas rotinas, observar e entender o que foi feito, e responder algumas perguntas. Assim, estes exercícios servem como ponto de partida para você começar a entender a linguagem. Durante o curso, nós vamos introduzir alguns conceitos que são cruciais para o entendimento das rotinas que estamos disponibilizando aqui.
Para você começar a entender a linguagem antes do curso iniciar, recomendamos o sítio http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/, da disciplina básica de R oferecida pelo Departamento de Ecologia do IB-USP. O link "Atividades Preparatórias" oferece um introdução compreensiva da linguagem.
O ambiente de programação R possui uma multitude de pacotes escritos para execução de análises em diversos contextos. O uso do R em Morfometria Geométrica necessita de certas funções e rotinas disponíveis dentro dos pacotes geomorph e shapes. Dessa forma, é necessário que você instale estes pacotes sobre a instalação do R básico que você possui em seu computador. No entanto, a instalação destes pacotes pode apresentar problemas, devido à dependência que ambos os pacotes apresentam ao pacote rgl, que essencialmente providencia uma maneira de visualizarmos e manipularmos gráficos em três dimensões no R. Em princípio, podemos tentar instalar estes pacotes usando os comandos
> install.packages('geomorph', dependencies = TRUE)
> install.packages('shapes', dependencies = TRUE)
e, se tudo estiver bem, podemos carregá-los
> require(geomorph)
> require(shapes)
No entanto, a instalação destes pacotes pode apresentar erros, de modo a impedí-los de serem carregados. Apresentamos aqui algumas soluções para possíveis problemas; no entanto, no início do curso reservamos algum tempo para ajudar vocês a instalar estes pacotes em seu computador.
A princípio, a instalação no Windows não apresenta grandes problemas. Instale os pacotes usando os comandos acima ou utilize a interface do RStudio para tal.
Provavelmente, problemas de instalação do rgl no MAC OS são relacionados à instalação do X11, o controlador de dispositivos gráficos padrão do R. Se você não possui o X11, vá ao sítio http://xquartz.macosforge.org/ e instale o XQuartz.
A partir da edição Yosemite, o X11 foi transferido da pasta /usr para a pasta /opt, de modo que o R não consegue encontrar o X11 quando tenta instalar o rgl. Isso pode ser facilmente resolvido, supondo que você possua uma instalação do X11 no seu sistema.
Abra um terminal no MAC OS (você pode pressionar Command + Espaço, digitar 'terminal' no Spotlight e pressionar Enter) e digite
$ sudo ln -sf /opt/X11 /usr/X11
O terminal irá pedir sua senha de usuário. O que você fez foi criar um link na pasta /usr para a pasta /opt/X11. Dessa forma, o R deverá ser capaz de encontrar o X11 quando o procura na pasta /usr, e você pode tentar instalar o shapes e o rgl a partir do próprio R como exposto acima.
Em geral, problemas de instalação no Ubuntu e derivações deste são resolvidos instalando-se a versão pré-compilada do rgl disponível nos repositórios destas distribuições.
$ sudo apt-get install r-cran-rgl
Após essa instalação, pode-se tentar novamente instalar o shapes e o geomorph diretamente pelo R.
O geomorph também depende do pacote jpeg, e este necessita de bibliotecas de manipulação de arquivos .jpg. Caso a instalação do geomorph falhe, instale esta biblioteca no terminal:
$ sudo apt-get install libjpeg8-dev
Após este passo, tente novamente instalar o geomorph.