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Statut : premier jet (v0.1) — document vivant, à compléter et corriger au fil des retours.
Objectif : Être en mesure de comprendre d'où viennent les chiffres, cartes et graphiques d'un rapport.
- Le socle commun : d'où viennent toutes les données
- Graphique — Évolution temporelle des connaissances
- Tableau — Synthèse par groupe taxonomique
- Tableau — Liste complète des espèces (+ export Excel)
- Tableau — Espèces à enjeu (liste rouge)
- Tableau — Résumé zone d'étude / tampon / ensemble
- Cartes
- Atlas des espèces (une page par espèce)
- Glossaire rapide
- FAQ
- Demandes en cours
Presque tout ce qui suit repose sur une seule et même sélection de données de départ. Comprendre cette sélection permet de comprendre 80 % des questions "pourquoi telle donnée n'apparaît pas".
Chaque rapport porte sur une zone d'étude (un polygone défini au préalable) entourée d'un tampon ("buffer") de X kilomètres, choisi au lancement du rapport. Toutes les analyses de données (tableaux, graphiques) travaillent sur l'ensemble zone d'étude + tampon, sauf mention contraire (voir section 6 pour le détail par secteur).
Une observation n'est retenue dans le rapport que si toutes les conditions suivantes sont réunies :
| Filtre | Ce qui est gardé | Ce qui est écarté |
|---|---|---|
| Statut de l'observation | Observations où l'espèce a été notée présente | Les mentions d'absence (recherche négative) |
| Statut de validation | Données validées ou en cours de validation | Données explicitement invalidées / rejetées |
| Niveau taxonomique | Observations au niveau espèce ou sous-espèce | Observations identifiées seulement au genre, à la famille, etc. |
| Géométrie | Observations ponctuelles (un point GPS) | Tracés (transects), zones ou polygones — même s'ils existent dans la base |
| Localisation | Strictement à l'intérieur du tampon | Observations en dehors du tampon, même proches |
| Groupe taxonomique | Voir liste ci-dessous | Tous les autres groupes |
Seuls 8 groupes sont pris en compte dans les rapports :
Amphibiens · Chauves-souris · Mammifères (hors chauves-souris) · Odonates (libellules) · Oiseaux · Papillons de jour · Poissons · Reptiles
Sont donc exclus, même si des données existent dans la base : la flore, les champignons, les mollusques, les autres insectes, et les papillons de nuit (un cas particulier : la base sait techniquement les identifier comme groupe à part, mais ce groupe n'est pas retenu dans la liste finale des groupes analysés — leurs observations sont donc écartées du rapport comme n'importe quel groupe non listé).
Limite à garder en tête : un rapport ne reflète jamais "toute la biodiversité connue" sur une zone, seulement ces 8 groupes.
La notion d'espèce nicheuse utilisée dans les tableaux (Possible/Probable/Certain) vient d'un code de comportement spécifique aux protocoles ornithologiques. Ce champ n'est renseigné en pratique que pour les oiseaux. Pour les autres groupes (ex. chauves-souris, amphibiens), on retrouveras une codification similaire pour aborder les questions de reproduction de l'espèce.
Un même statut de menace peut exister à plusieurs échelles (régionale AuRA, ex-Auvergne, ex-Rhône-Alpes, France, Europe, Monde). Le rapport utilise l'échelle AuRA, et ne redescend à une échelle plus large (France, Monde) que si aucune donnée régionale n'existe pour l'espèce.
Certaines cartes et tableaux (ex. atlas, statut des connaissances) reposent sur un découpage en mailles carrées. La taille de cette maille dépend automatiquement de la taille de la zone d'étude :
| Taille de la zone (emprise) | Taille de maille utilisée |
|---|---|
| < 5 km² | 0,2 km |
| < 25 km² | 0,5 km |
| < 250 km² | 1 km |
| < 2 500 km² | 2 km |
| ≥ 2 500 km² | 5 km |
Limite importante : deux rapports sur des zones de tailles différentes n'utilisent pas la même résolution de maille — les chiffres "par maille" ne sont donc pas directement comparables d'un rapport à l'autre.
Où le trouver : graphique à deux courbes (nombre de données en bleu, nombre d'espèces en orange), généré automatiquement dans la partie "état des connaissances" du rapport.
Donnée source : l'ensemble des observations du socle commun (section 1), regroupées par année.
Méthode en langage courant : Pour chaque année à partir de 2000, on compte : (1) le nombre total d'observations, et (2) le nombre d'espèces différentes observées. L'année retenue pour une observation est celle de sa date la plus récente connue (et non l'année de la première mention).
Limites connues :
- Une hausse visible dans les dernières années ne veut pas forcément dire "plus de biodiversité" — elle reflète le plus souvent une hausse de l'effort d'observation (plus de naturalistes, plus de sorties, usage croissant des applications de saisie).
- La toute dernière année peut sembler artificiellement basse : les données ne sont pas toutes saisies et validées immédiatement après l'observation (délai de saisie/validation).
- Le graphique ne corrige pas l'effort de prospection (nombre d'observateurs, de sorties) : on ne peut donc pas en déduire une tendance de population fiable, seulement une tendance du volume de données collectées.
Où le trouver : tableau "Groupe taxo." avec une ligne par groupe (Oiseaux, Mammifères, etc.).
Donnée source : socle commun, agrégé par groupe taxonomique.
Méthode en langage courant : Pour chaque groupe, le tableau compte : le nombre total de données, le nombre d'espèces différentes, le nombre d'espèces nicheuses, le nombre d'espèces protégées, le nombre d'espèces protégées ET nicheuses, le nombre d'espèces "à enjeu" (liste rouge), et un décompte de données/espèces liées à de la mortalité routière.
Limites connues :
- La colonne "espèces nicheuses" ne concerne fiablement que les oiseaux (voir §1.4) — les autres groupes afficheront des valeurs quasi nulles sur ce critère, ce qui ne signifie pas une absence de reproduction sur zone.
- Le statut "à enjeu" (liste rouge) mélange plusieurs règles selon le groupe : pour les oiseaux nicheurs, on regarde le statut régional (AuRA) puis, à défaut, le statut mondial ; pour les autres groupes, la même logique s'applique sans la condition de nidification. Cela crée une comparabilité imparfaite entre groupes : un groupe peut sembler avoir "plus d'espèces à enjeu" simplement parce que sa liste rouge de référence est différente.
- Le décompte de mortalité ne couvre que les causes liées au transport (route, autres transports) — les autres causes de mortalité (collision avec vitrage, prédation, électrocution, etc.) ne sont pas comptabilisées ici.
- Le sous-total "rapaces nicheurs" ne compte que l'ordre des Accipitriformes (aigles, buses, milans, éperviers...) et exclut les rapaces nocturnes (chouettes, hiboux), qui sont un ordre taxonomique différent (Strigiformes) malgré l'usage courant du mot "rapace" pour les deux.
Où le trouver : tableau détaillé une ligne par espèce dans le rapport, et fichier Excel tableau_especes.xlsx en annexe (même contenu, format tableur pour retravailler les données).
Donnée source : socle commun, agrégé par espèce.
Méthode en langage courant : Pour chaque espèce présente dans le périmètre, on calcule : nom vernaculaire (nettoyé automatiquement de mentions type "(Le)"/"(La)"), nom scientifique (avec quelques corrections manuelles de noms obsolètes — voir limite ci-dessous), première et dernière année d'observation, nombre d'années différentes où l'espèce a été vue, nombre total d'observations, nombre d'observateurs distincts, effectif maximal observé en une seule fois, nombre de données de mortalité et leurs causes, données de nidification, et les différents statuts de protection/liste rouge.
Limites connues :
- La correction des noms scientifiques obsolètes (ex. anciens noms de genre) se fait via une liste manuelle codée en dur dans le programme : seules les espèces figurant dans cette liste sont corrigées. Une espèce absente de cette liste, si son nom a changé récemment dans le référentiel, peut apparaître avec un nom désormais désuet.
- "Effectif maximal" = la plus grosse quantité notée en une seule observation, pas une estimation de population. Ce chiffre est sensible aux estimations approximatives (ex. "environ 200 individus" lors d'un passage migratoire) et ne doit pas être lu comme un effectif de population fiable.
- "Nombre d'observateurs" compte les valeurs distinctes du champ observateur tel que saisi. Si ce champ est rempli de façon hétérogène (plusieurs noms dans un seul champ texte, orthographes différentes pour la même personne), ce chiffre peut être sur- ou sous-estimé.
- Le tableau ne distingue pas les données anciennes des données récentes autrement que par les colonnes "première/dernière année" — une espèce vue une seule fois il y a 15 ans apparaît au même titre qu'une espèce suivie chaque année.
Où le trouver : sous-ensemble du tableau espèces, filtré sur les espèces menacées.
Donnée source : le même tableau que la section 4, ensuite filtré.
Méthode en langage courant : Une espèce est retenue dans ce tableau si au moins un de ses statuts de liste rouge connus (Auvergne, Rhône-Alpes, AuRA fusionnée, ou France) est classé "En danger critique", "En danger", "Vulnérable" ou "Quasi menacé".
Limites connues :
- Le filtre regarde chacun des statuts pris séparément, y compris les anciennes listes rouges régionales pré-fusion (ex-Auvergne, ex-Rhône-Alpes). Une espèce peut donc apparaître dans ce tableau sur la base d'une ancienne liste régionale, même si son statut actuel sur la liste AuRA fusionnée n'est plus classé menacé. À l'inverse, ce mode de filtrage garantit qu'on n'oublie aucune espèce historiquement suivie comme sensible — mais cela peut nécessiter une relecture au cas par cas pour les rapports où la précision du statut actuel importe.
- Ce tableau n'inclut pas automatiquement les espèces à enjeu au niveau mondial si elles n'ont pas de statut régional/national défavorable (cohérent avec la logique de la section 3, mais à garder en tête si une espèce "connue comme menacée au niveau mondial" n'apparaît pas ici).
Où le trouver : encart chiffré en tête de rapport (nombre d'observations, d'espèces, date de dernière observation), décliné sur 3 secteurs.
Donnée source : socle commun, recoupé avec 3 découpages géographiques différents.
Méthode en langage courant :
- "Zone d'étude" : uniquement à l'intérieur du polygone d'étude initial (sans le tampon).
- "Tampon seul" : l'anneau compris entre le bord de la zone d'étude et le bord du tampon (le tampon, moins la zone d'étude).
- "Ensemble" : la totalité zone d'étude + tampon réunis.
Limites connues :
- Les trois secteurs ne s'additionnent pas de façon totalement indépendante en toute rigueur géométrique : "Ensemble" doit être lu comme la référence globale, pas comme "zone d'étude" + "tampon seul" recalculé à la main — de petits écarts d'arrondi géométrique aux frontières sont possibles.
- Le secteur "tampon seul" est calculé par différence géométrique (soustraction de polygones) : dans de rares cas de géométries complexes ou de bords très découpés, de petites imprécisions résiduelles peuvent apparaître en bordure.
Où le trouver : cartes A4 en pleine page dans le rapport (données brutes, statut des connaissances, zones protégées), produites via un projet QGIS pré-configuré.
Donnée source : 4 couches de données exportées pour chaque rapport :
- Données brutes — chaque observation individuelle du socle commun, en points.
- Zone d'étude — les 3 périmètres (zone d'étude, tampon, et une zone élargie à 50 km "alentours").
- Statut des connaissances — les mêmes mailles que celles décrites en §1.6, avec pour chacune : nombre d'observations, nombre de groupes taxonomiques représentés, nombre d'espèces, nombre d'années de suivi, nombre de jours de prospection différents, et un code de nidification maximal observé sur la maille.
- Zones protégées — périmètres officiels intersectant la zone (PNR, APB, ZNIEFF de type 1 et 2, RNR, RNN, sites Natura 2000).
Méthode en langage courant : Les données sont exportées puis affichées avec une mise en forme graphique prédéfinie (couleurs, symboles) dans un projet QGIS modèle, qui est ensuite exporté en image.
Limites connues :
- Les cartes de connaissance/mailles héritent de la limite de résolution variable décrite en §1.6 : deux cartes de rapports différents ne sont pas à la même échelle de détail.
- Les zones protégées sont recherchées sur un rayon bien plus large que les autres données (10 fois le tampon utilisé pour les espèces). Il est donc normal et attendu qu'une zone protégée apparaisse sur la carte alors qu'elle est en dehors du tampon utilisé pour compter les espèces — ce n'est pas une incohérence, c'est voulu pour donner du contexte, mais cela peut prêter à confusion si ce n'est pas précisé en légende.
- Comme pour toutes les analyses ici : seules les observations retenues par le socle commun (points, groupes limités, etc.) apparaissent — la carte "données brutes" ne montre pas la totalité de ce qui existe dans la base naturaliste globale.
- La mise en forme graphique (couleurs, symboles, légende) est gérée dans un fichier de projet QGIS séparé du code : un changement de style visuel n'est pas documenté au même endroit que la logique de calcul, ce qui peut créer un décalage entre ce document et le rendu réel si le projet QGIS est modifié sans mise à jour de cette page.
Où le trouver : document PDF séparé, une page de carte par espèce retenue, généré uniquement pour les rapports qui incluent le module "atlas".
Donnée source : socle commun agrégé par espèce et par maille, avec en plus une lecture mensuelle et annuelle de présence.
Méthode en langage courant : Une espèce n'apparaît dans l'atlas que si elle remplit au moins une des deux conditions : avoir un indice de nidification "possible", "probable" ou "certain" sur au momoins une maille, ou avoir un statut de liste rouge menacé (régional ou national). Pour chaque espèce retenue, une page est générée avec : la carte de répartition par maille, une phénologie mensuelle (présence/absence par mois) et un historique annuel de présence de 2009 à aujourd'hui.
Limites connues :
- Les espèces communes, non menacées et non nicheuses ne sont pas incluses dans l'atlas, même si elles sont très bien documentées — l'atlas répond à une logique de priorisation (enjeu/nidification), pas d'exhaustivité.
- La phénologie mensuelle et l'historique annuel affichent une simple présence/absence (une coche ou un tiret), pas un volume : un mois avec une seule observation apparaît visuellement identique à un mois avec cent observations.
- Le "code de nidification maximum" affiché par maille est le meilleur indice jamais enregistré sur toute la période historique, pas un indice de l'année en cours. Une maille peut donc apparaître comme un site de nidification "certain" sur la base d'une seule preuve ancienne, même si aucune reproduction n'y a été revue depuis.
- La plage d'années affichée (2009 à aujourd'hui) est actuellement définie explicitement dans le programme — elle nécessitera une mise à jour technique au fil du temps pour continuer à inclure les années suivantes.
- Le zoom des cartes de l'atlas repose sur une zone de référence nommée précisément dans le système ("Périmètres d'étude") : un souci de configuration à ce niveau peut faire échouer le rendu ou produire un cadrage incorrect sans que cela soit visible immédiatement dans le résultat final.
| Terme | Signification simple |
|---|---|
| LR | Liste Rouge — classement officiel du niveau de menace d'une espèce (ex. CR = en danger critique, EN = en danger, VU = vulnérable, NT = quasi menacé, LC = préoccupation mineure, DD = données insuffisantes) |
| AuRA | Auvergne-Rhône-Alpes (échelle régionale actuelle, fusion des anciennes régions Auvergne et Rhône-Alpes) |
| Nicheur / nidification | Reproduction constatée ou probable sur zone (voir §1.4 — fiable surtout pour les oiseaux) |
| PNR | Parc Naturel Régional |
| APB | Arrêté de Protection de Biotope |
| ZNIEFF | Zone Naturelle d'Intérêt Écologique, Faunistique et Floristique (type 1 = secteur précis à fort enjeu ; type 2 = ensemble naturel plus vaste) |
| RNR / RNN | Réserve Naturelle Régionale / Nationale |
| Natura 2000 | Réseau européen de sites protégés (ZSC, ZPS, SIC) |
| Maille | Case d'une grille carrée utilisée pour synthétiser les données sur une carte (taille variable, voir §1.6) |
| Tampon / buffer | Zone ajoutée autour de la zone d'étude stricte, pour donner du contexte |
Cette section grossit au fil des questions posées en réunion ou par email. Merci d'ajouter toute nouvelle question avec sa réponse, même provisoire.
Q : Pourquoi telle espèce que je connais bien sur le secteur n'apparaît pas dans le rapport ? R : Vérifier d'abord si son groupe taxonomique fait partie des 8 groupes retenus (§1.3). Si oui, vérifier si l'observation est bien localisée dans le tampon utilisé pour ce rapport, et si elle a un statut de validation retenu (§1.2).
Q : Pourquoi le nombre de données semble baisser sur la toute dernière année du graphique d'évolution ? R : C'est un effet de délai de saisie/validation, pas une baisse réelle de la biodiversité observée (voir §2, limites).
Q : Pourquoi une zone protégée apparaît sur la carte alors qu'elle semble en dehors de notre périmètre d'étude ? R : Les zones protégées sont recherchées sur un rayon plus large (10x le tampon) que les données d'espèces, volontairement, pour donner du contexte (voir §7).
Q : Que veut dire "espèce nicheuse" dans les tableaux, pour un groupe autre que les oiseaux ? R : Cette information n'est fiable que pour les oiseaux (voir §1.4) — pour les autres groupes, l'absence de mention "nicheuse" ne veut pas dire absence de reproduction.
Q : Deux rapports sur des zones différentes ont-ils des mailles de la même taille ? R : Non, la taille de maille dépend automatiquement de la surface de la zone étudiée (voir §1.6) — les chiffres "par maille" ne sont pas directement comparables entre rapports.
(à compléter...)
Objectif : que chacun puisse voir que sa remarque a été prise en compte, sans avoir à la répéter. Statuts possibles : À traiter / En cours / Traité.
| Date | Demande / remarque | Demandé par | Statut | Suivi / réponse |
|---|---|---|---|---|
| 04/09/2026 | Exemple : "Peut-on ajouter l'ensemble des groupes taxonomique ?" | Anonyme | en cours | Oui, possible mais celà nécéssites d'être claire sur les résultats, car les autres groupes étants moins suivis, les observations opportuniste ne permettent rarement d'avoir une vue d'ensemble sur le sujet. |
| 07/09/2026 | Exemple : "Est-ce qu'il est possible que le rapport prennent en compte les données POP et STERF ?" | Anonyme 2 | en cours | Oui, mais celà demande du boulot pour identifiés ses données et de savoir comment les comptabilisés sur les cartes à la mailles, prise du centroides du transect/polygone ? ajout de l'espèces dans l'ensembles des mailles ? besoins d'en parler et de valider une méthode ensemble |
| 10/09/2026 | Exemple : "Peut-ton faire des analyser croisée avec le RPG" | Anonyme 3 | à traiter | Besoind de définir une méthodologie régionale avant d'aller plus loin. |