Hw 5#1
Conversation
|
Функция фильтрует неправильно из-за того что перепутаны > и < в файле fastqc_tool.py на строке 53. Чтобы работа функции соответствовала условию, что риды с значением среднего качества ниже порогового значения quality_threshold отбрасываются должен стоять <. |
| if type(gc_bounds) != tuple: | ||
| gc_bounds = tuple([0, gc_bounds]) |
There was a problem hiding this comment.
логичнее было бы сделать проверку на тип так, что либо tupl, либо int или float
А то кто-нибудь подаст строку, и будет упс...
Но в рамках задания все хорошо!
| """ | ||
| quality_result = 0 | ||
| for sign in seq[1]: | ||
| quality_result += (ord(sign) - 33) |
| for sign in seq[1]: | ||
| quality_result += (ord(sign) - 33) | ||
| quality_out = quality_result / len(seq[1]) | ||
| if quality_out > quality_threshold: |
There was a problem hiding this comment.
| if quality_out > quality_threshold: | |
| if quality_out < quality_threshold: |
| import sys | ||
| import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools |
There was a problem hiding this comment.
по PEP8 импорты из стандартной библиотеки и своей надо разделять одним пробелом
| import sys | |
| import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools | |
| import sys | |
| import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools |
Здорово, что после всех импортов ты поставила две пустые строки, по PEP8!
| import sys | ||
| import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools | ||
| import modules.protein_tools as protein_tools | ||
| import modules.fastq_tool as fastq_tool |
There was a problem hiding this comment.
| import modules.fastq_tool as fastq_tool | |
| import modules.fastqc_tool as fastq_tool |
Из-за неправильного имени модуля все сразу падало
|
Отличная работа! Комментарии:
Итог:
Бонусы и штрафы:
Сумма: 9.9 |
2 participants
HW5 Orlova Victoria