DailyChem · chem-ai-workflow

化学工作流自动化工具：结构、谱图、实验记录的半自动处理。

main 分支保留可运行代码和 docs/ 占位骨架；详细规划文档在开发分支维护。

安装

依赖 uv 和 Python ≥ 3.11。

uv sync

运行

启动图形界面（推荐给非程序员用户）

Mac / Linux：

bash run.sh

Windows：

双击 run.bat，或在终端运行：

run.bat

默认会在浏览器打开 DailyChem 页面。若没有自动打开，可访问终端提示的本地地址， 通常是 http://localhost:8501。

命令行工具（开发者）

uv run chemwf --help
uv run chemwf version

NMR peak list 格式化

第一版接收 MestReNova View → Tables → Multiplets 复制出来的 tab-separated 文本：

uv run chemwf nmr parse examples/raw/nmr_multiplet_table_clean_example.tsv --frequency 400 --solvent CDCl3
uv run chemwf nmr format examples/raw/nmr_multiplet_table_clean_example.tsv --frequency 400 --solvent CDCl3

实验记录生成

uv run chemwf records generate examples/raw/experiment_record_example.yaml
uv run chemwf records generate examples/raw/experiment_record_example.yaml --language zh --out examples/processed/experiment_record.md

Compound 本地归档

uv run chemwf init-compound --id C001 --project-dir examples/project_demo --smiles "CCOC(=O)c1ccccc1"

本地 Web UI（开发者原始命令）

uv run streamlit run app.py

1H NMR assignment 草稿

uv run chemwf nmr assign examples/raw/nmr_multiplet_table_clean_example.tsv \
  --smiles "CCOC(=O)c1ccccc1" \
  --frequency 400 \
  --solvent CDCl3

该命令只生成候选归属和风险提示，不会声称自动 assignment 一定正确。

测试

uv run pytest

代码风格

uv run ruff check .
uv run ruff format .

目录结构

• src/chem_workflow/ —— 源代码（按 phase 分模块占位）
• tests/ —— pytest 测试
• data/{raw,processed}/ —— 本地数据，默认不入库
• examples/ —— 样例输入、处理结果与项目演示数据
• docs/ —— 项目文档占位骨架（详细规划在开发分支维护）