公开数据 + 纯 Python 流水线（本机未装 R）。核心问题：能否把"细胞衰老"从"泛炎症"中 因果地剥离出来——IBD 黏膜里到底有没有真·衰老细胞？
- 转录组层：SenMayo SASP 负荷在活动期 IBD 升高，且治疗前越高越难治 （预测生物制剂应答，AUC 0.85 / 0.74），独立于内镜严重度。
- 因果遗传层：MR（eQTLGen→de Lange 2017）+ coloc 把关后，CCL8（风险）、 CXCR2（保护） 两个基因稳健过关；多数 MR 命中是 LD 假象被正确剔除。
头条结果、诚实局限、下一步并行任务见
research_journal/README.md。
| 目录 | 内容 |
|---|---|
data/raw/ |
只读源数据（GWAS / eQTLGen / GEO / GTEx）——不可变 |
data/external/ |
参考资源（gene sets） |
data/interim/ |
可重生派生数据（scored.tsv、parquet 矩阵） |
src/ |
01–17 编号流水线 + paths.py 中枢路径 |
notebooks/ |
仅探索 / 出图原型（不进流水线） |
outputs/ |
机器自动吐、可弃、按脚本名归档 |
results/ |
晋升而来的论文最终 figures/ + tables/ |
paper/ |
正文 / 参考文献 / 补充材料 |
research_journal/ |
实验室笔记：方法叙事(docs/)、任务书(planning/) |
outputs/ vs results/：脚本只写 outputs/（可随便重跑）；你主动挑中的终版
才晋升进 results/。两层模型与工程标准见 AGENTS.md。
source .venv/bin/activate # Python 3.14
python src/02_build_clock.py # 例：构建衰老时钟
python src/paths.py # 打印中枢路径表，自检布局脚本按编号顺序（01_gtex_samples → … → 17_integrated_figure）构成流水线；
新代码用 from paths import P 取路径，不要硬编码绝对路径。