feat: add trace cleanup tool

[baoyingshenjing]

Summary

Closes #5.

本 PR 为 VulnGym 新增保守、可审计的 trace 结构检测与清理工具，主要支持：

• 检测 trace 内部 {file, line, code} 完全相同的重复节点
• 检测同文件内 entry point 之前和 critical operation 之后的结构异常
• 支持整数和 "start-end" 区间行号
• 跨文件节点不按行号比较、不排序、不删除
• 默认保护 verify=1 的人工审核数据
• 输出检测报告、人工复核清单和修复日志
• 提供单元测试与完整数据集回归测试

Safety Policy

• 默认只报告顺序异常，不直接删除
• 只自动删除 verify=0 且 desc 一致的精确重复节点
• desc 冲突的重复节点进入人工复核
• 不将源码行号顺序等同于实际执行顺序
• 不直接修改原始 data/entries.jsonl

Validation

• 完整扫描 408 条 entries
• 扫描 2073 个 trace 节点
• 检测到 7 组精确重复节点
• 检测到 139 个 before-entry findings
• 检测到 237 个 after-critical findings
• 默认保守修复产生 0 个数据修改
• 修复输出与原始输入 SHA-256 一致
• 单元测试全部通过

Files

• tools/trace_cleanup/
• tests/trace_cleanup/
• reports/trace_cleanup/
• data/entries.trace_fixed.jsonl