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二代测序分析工具箱 v0.1 ======================== 包含： 脚本、代码（写好注释，写清楚版本号和依赖及其版本号） 测试数据（控制在100k以内） 在线工具集导航页 add single_script/ under each lang, to add once and for all script: & run demo # ======================== 生信分析最佳实践 R_scripts/src/readMe.txt ======================== shell 常用代码片段 ======================== Python常用代码片段 Python3_pieces.txt downLoad_zhaows.py 多线程下载上万个文件，用py控制并发下载的数量 concurrence_demo.py 自己写的py并发框架，todo: 包装成更好用的py包。 txtBBS.py 自己写的简易BBS系统，能发言，记录IP，基于txt文件。 markdownReader.py 自己写的简易markdown文档阅读器，单文档阅读。 snakemake/ 添加流程 微生物 meta分析：跟着science学习宏基因组-原流程 GATK4 分析 germline mutation IF/IF2html.py 生成影响因子网页 ======================== R常用代码片段 QC for geneChips heatmap: R_scripts\visulization\pheatmap_demo-ForSunjiaxin.R # More CMD: http://www.360doc.com/content/14/1103/10/17553313_422108323.shtml ggplot2_dplyr/ 101-barchart.R heatmap_for_pValue: 热图，要根据P值的显著程度设置颜色。使用image()函数实现了精美版v1和批量版v2 R_scripts\visulization\heatmap_for_pValue R_pieces.txt maximal number of DLLs reached... index.html 专题：ggplot2画SCI中常见的图 http://tool.biomooc.com/R_scripts/ for ZDJY: R_scripts/zdjy_2018/wangcc_SNP_Indel_filterBy3Rules.R 批量小提琴图： R_scripts/visulization/batch-violinPlot-for_WangXuefei.R 火山图 雷达图 生存分析 do_Survival_using_TCGA-2024.5.R 脚本化运行： R_scripts/single_script/template.script.R #模板，按最佳实践更新 * do_CytoTRACE.script.R * do_monocle2.script.R * do_CellCycle_Drop-seq2015.script.R * do_Seurat.script.R * do_Seurat_NMF.script.R * init_project.R 初始化R项目的目录结构 ======================== js常用代码片段 JavaScript/sankey/index.html 桑基图 JavaScript/mathJax_demo.html LaTeX Math Preview 预览数学公式 JavaScript/markdownReader/index_md.html 预览 markdown 文件 JavaScript/code_reader.html 预览 R code on Server 文件 JavaScript/aminoAcid_Formater.html 输入基因序列，生成专利格式的氨基酸序列 JavaScript/ddl_timer.html 网页版ddl倒计时 JavaScript/TocNavigator_js.html 网页顶部目录 # ======================== Java常用代码片段