🛡️ Sentinel: [CRITICAL] 정수 오버플로 취약점 수정

.github/workflows/code-quality.yml

@@ -30,7 +30,7 @@ jobs:
       - name: Lint markdown docs
         run: |
           npm install -g markdownlint-cli2@0.18.1
-          markdownlint-cli2 README.md AGENTS.md ARCHITECTURE.md CLAUDE.md CONTRIBUTING.md .github/**/*.md docs/**/*.md
+          markdownlint-cli2 README.md AGENTS.md ARCHITECTURE.md CLAUDE.md CONTRIBUTING.md .github/**/*.md docs/**/*.md .jules/*.md
 
       - name: Lint GitHub workflows
         run: |

.jules/bolt.md

@@ -1,18 +1,31 @@
+# Bolt Journal
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 ## 2024-07-04 - R 언어에서 루프 내 데이터 프레임 탐색 병목 최적화
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 **Learning:** R에서 루프를 돌면서 매번 데이터 프레임을 서브셋팅(subsetting)하는 작업은 복사 오버헤드로 인해 매우 느려질 수 있습니다. 특히 공통 문항 수가 많아질 경우 O(N^2)의 비효율을 초래합니다.
 **Action:** 루프 내에서 수행하던 데이터 프레임 조회를 루프 외부에서 한 번에 `as.character(unlist(...))`로 처리하는 벡터 연산으로 변경하여 타입 변환 없이 O(1) 수준으로 성능을 크게 향상시킬 수 있습니다.
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 ## 2024-07-07 - R 언어에서 데이터 프레임의 특정 항목 탐색을 캐싱하여 O(N) 검색 병목 최적화
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 **Learning:** R에서 반복문 내부에서 특정 조건을 만족하는 데이터의 위치를 찾기 위해 `which()`를 여러 번 반복 호출하는 것은 O(N) 시간 복잡도를 가져 매번 불필요한 배열 스캔을 유발합니다. 이는 루프의 반복 횟수가 많고, 탐색해야할 데이터가 클 수록 성능 저하의 주 원인이 됩니다.
 **Action:** 조건에 맞는 인덱스를 최초 탐색 시 변수에 캐싱(`newIdx`, `oldIdx` 등)하여 저장하고 이후 동일한 데이터 접근 시 캐싱된 인덱스를 사용함으로써 O(1) 수준으로 성능을 향상시킬 수 있습니다. 추가로 스칼라 값에 대한 불필요한 `paste0()` 함수 호출을 제거하여 오버헤드를 줄입니다.
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 ## 2024-07-08 - R 언어에서 루프 내 인덱스 검색(which) O(N) 병목 최적화
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 **Learning:** R에서 반복문 내부에서 특정 조건을 만족하는 데이터의 위치를 찾기 위해 `which()`를 여러 번 호출하면 매번 O(N)의 선형 탐색(linear scan)이 발생하여 데이터 크기가 클수록 성능이 크게 저하됩니다. 또한 `paste0()`를 이용한 불필요한 배열 단위 문자열 생성은 반복문 오버헤드를 가중시킵니다.
 **Action:** 조건에 맞는 인덱스를 최초 한 번 `split(seq_len(nrow(df)), df$column)`를 통해 리스트 형태로 캐싱(dictionary lookup)하여 루프 외부에서 O(1) 검색 체계로 만들고, 스칼라 값에 대한 불필요한 `paste0()` 함수 호출을 최적화(`paste(..., collapse=' ')`)하여 오버헤드를 줄입니다.
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 ## 2026-07-11 - R 언어에서 루프 내 벡터 동적 확장 및 조건부 탐색 최적화
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 **Learning:** R에서 for 루프 내에 동적으로 벡터 크기를 늘리면서 (`vector[i] <- value`) 조건을 검사하는 것은 O(N^2)의 복사 오버헤드(copy-on-modify)를 발생시키며 매 반복마다 `match()` 스캔을 수행하면 성능 저하를 초래합니다.
 **Action:** 루프 외부에 벡터화된 `match()`를 한 번만 수행하여 유효한 인덱스를 찾고, 벡터 인덱싱(`vector[idx]`)으로 한 번에 데이터를 추출하여 불필요한 루프 오버헤드 및 동적 메모리 재할당을 방지하여 O(1) 수준으로 성능을 개선해야 합니다.
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 ## 2024-07-12 - R 언어에서 데이터프레임 서브셋팅 시 불필요한 which() 및 반복 평가 제거
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 **Learning:** 데이터 프레임의 특정 로우(row)를 변경할 때 `df[which(df$col == "val"), ]`와 같이 `which()`를 사용하면 내부적으로 추가 함수 호출 및 논리 벡터 평가 오버헤드가 발생합니다. 또한, 여러 값을 업데이트하기 위해 동일한 조건식을 연속으로 사용하면 매번 동일한 O(N) 논리 벡터 평가가 중복해서 일어납니다. 불필요한 `paste0("GROUP")` 호출도 오버헤드를 더합니다.
 **Action:** `which()`를 생략하고 직접 논리 인덱싱(`df$col == "val"`)을 사용하며, 동일한 조건식을 두 번 이상 연속으로 사용할 경우 해당 논리 벡터를 변수에 캐싱(`idx <- df$col == "val"`)하여 여러 번 재사용함으로써 중복된 O(N) 선형 스캔을 피하고 성능을 최적화해야 합니다. 또한 불필요한 문자열 연산을 제거합니다.
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 ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
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 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
 **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.

.jules/palette.md

@@ -1,7 +1,11 @@
+# Palette Journal
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 ## 2024-06-24 - Pure R Backend Package
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 **Learning:** The aFIPC repository is a pure R backend package without any frontend web components or UI. Therefore, standard micro-UX enhancements such as ARIA labels, loading states, and CSS styling cannot be applied.
 **Action:** Stop and do not create a PR, as no suitable web UX enhancements can be identified.
 
 ## 2026-06-30 - No Frontend Surface
+
 **Learning:** The package contains R calibration code and package metadata, not HTML, React, CSS, or other UI surfaces.
 **Action:** Palette tasks should stop after recording that no UX enhancement applies unless a future frontend artifact is introduced.

.jules/sentinel.md

@@ -1,4 +1,13 @@
+# Sentinel Journal
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 ## 2024-07-12 - Fix missing parameter validations
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 **Vulnerability:** Unvalidated inputs passed to `if()` statements can cause process crashes (`condition has length > 1`) or unexpected coercion vulnerabilities.
 **Learning:** In R, optional boolean parameters that default to `NULL` should be validated using explicit runtime type validation (e.g., `if (!is.null(flag) && (!is.logical(flag) || length(flag) != 1 || is.na(flag)))`).
 **Prevention:** Always implement explicit runtime type validation for optional boolean parameters.
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+## 2024-07-13 - Fix integer overflow coercion vulnerability in readline input
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+**Vulnerability:** Interactive `readline()` user inputs that are loosely validated against unbounded digit classes (e.g., `^[0-9]+$`) can evaluate to `NA` when passed to `as.integer()` if the string represents an excessively large number, which leads to integer overflow coercion vulnerabilities and possible process crashes.
+**Learning:** For R scripts, any validation on interactive `readline()` numeric inputs should strictly match against exact expected values (e.g., `^[12]$`) rather than unbounded digit classes.
+**Prevention:** Strictly validate `readline()` inputs against expected discrete values instead of using unbounded numerical regular expressions.

.markdownlint.json

@@ -0,0 +1 @@
+{"MD013": false}

R/aFIPC.R

@@ -141,7 +141,7 @@ autoFIPC <-
       }
       for (attempt in seq_len(3)) {
         n <- readline(prompt = "Is it correct? (1: Yes 2: No) : ")
-        if (grepl("^[0-9]+$", n)) {
+        if (grepl("^[12]$", n)) {
           return(as.integer(n))
         }
       }
@@ -171,7 +171,7 @@ autoFIPC <-
               readline(
                 prompt = "Do you want to use default BILOG-MG priors for oldform Data? (1: Yes 2: No) : "
               )
-            if (grepl("^[0-9]+$", n)) {
+            if (grepl("^[12]$", n)) {
               return(as.integer(n))
             }
           }
@@ -390,7 +390,7 @@ autoFIPC <-
               readline(
                 prompt = "Do you want to use default BILOG-MG priors for newform Data? (1: Yes 2: No) : "
               )
-            if (grepl("^[0-9]+$", n)) {
+            if (grepl("^[12]$", n)) {
               return(as.integer(n))
             }
           }