diff --git a/.claude/rules/git-and-io.md b/.claude/rules/git-and-io.md
index 76f680c..ee9822d 100644
--- a/.claude/rules/git-and-io.md
+++ b/.claude/rules/git-and-io.md
@@ -19,8 +19,13 @@
 - 起動時 `preflight()`: git リポジトリか / HEAD があるか（コミット 0 では worktree を作れない）。
 - 作成は現在の HEAD、`followOrigin` が有効なら `syncedStartPoint(base)` = `origin/<base>` から切る。
   **稼働中の worktree へ pull しない**（未コミット変更と競合する）。
-- `.git/info/exclude` へ `# codiva` マーカー付きで `.codiva/` を追記（冪等）。
-  **対象リポジトリの `.gitignore` を書き換えない。**
+- **`.codiva/` を隠すのは `.codiva/.gitignore`（中身は `*` の 1 行）だけ**（`ensureIgnored()`。無いときだけ書く＝冪等、
+  失敗は握り潰す）。`*` は除外ファイル自身にも一致するのでディレクトリごと消える。
+  **対象リポジトリの `.gitignore` を書き換えない。`.git/info/exclude` にも戻さない** —
+  `.git` は linked worktree / submodule では**ファイル**なので追記が ENOTDIR で失敗する。
+  副作用として ls-files が `.codiva/` を 1 件に畳まなくなるため、引き継ぎフィルタは
+  **先頭セグメント**で `.codiva` / `.git` 配下を落とす（`isInternalEntry()`。完全一致に戻すと
+  worktree の中へ worktree 群自身のリンクが張られ `worktree remove` が ELOOP で失敗する）。
 - ignore 済みファイルの引き継ぎ `ignoredFiles`: `'symlink'`（既定・複製コストゼロ）/
   `'copy'`（完全独立）/ `'none'`。列挙結果のフィルタは純関数 `ignoredCopyEntries()` で、
   **`.codiva/` と `.git` は必ず除外**（再帰・内部状態破壊の防止）。実体化は entry 単位の
@@ -83,7 +88,7 @@
 | `<repo>/.codiva/worktrees/<slug>` | セッションの worktree | `WorktreeManager` |
 | `<repo>/.codiva/state.json` | 復元用メタ（会話ログは入れない） | `utils/state-store.ts` |
 | `<repo>/.codiva/prompt.md` | リポジトリ追加指示（空保存で削除） | `utils/repo-prompt.ts` |
-| `<repo>/.git/info/exclude` | `# codiva` + `.codiva/` を追記 | `WorktreeManager` |
+| `<repo>/.codiva/.gitignore` | `*` の 1 行（`.codiva/` を丸ごと ignore） | `WorktreeManager.ensureIgnored` |
 | `~/.codiva/config.json` | ユーザー設定 | `utils/config.ts` |
 | `~/.codiva/logs/crash-<時刻>-<pid>.log` | クラッシュレポート（20 件でローテーション。**同期書き込み**） | `utils/crash-log.ts` |
 | `~/.codiva/logs/report.*.json` | Node の診断レポート（OOM 等 JS が動けない死に方の唯一の記録） | Node（`process.report`） |
diff --git a/README.md b/README.md
index a187cca..6e08d01 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -69,7 +69,7 @@ codiva
 3. セッションを選ぶと詳細ビューに入り、ログ閲覧・追加指示・許可応答ができます。
 4. 完了したら diff stat を確認し、マージまたは破棄します。
 
-> worktree ディレクトリ `.codiva/` は対象リポジトリの `.git/info/exclude` に自動追記されるため、対象リポジトリの `.gitignore` を汚しません。
+> worktree ディレクトリ `.codiva/` には `*` の 1 行だけを書いた `.codiva/.gitignore` が自動生成され、`.codiva/` 以下がまるごと git から見えなくなります（除外ファイル自身も `*` に一致するので自己完結します）。対象リポジトリの `.gitignore` も `.git/` の中も書き換えません。
 
 ### 入力欄
 
@@ -281,7 +281,7 @@ Codiva v0.3.1   3 セッション
 
 **既存のセッション worktree に残っているリンクは起動時に自動で外します**（以前のバージョンで作った worktree にも効きます）。外すのは**シンボリックリンクだけ**なので、リンク先（元リポジトリの中身）と、worktree 内に実体として存在するビルド結果には触りません。
 
-なお、監視対象そのものを減らしたい場合は、対象プロジェクト側で `.codiva` を `.gitignore` と開発サーバの監視除外設定に追加するのが確実です（codiva は対象リポジトリの `.gitignore` を書き換えないので、git 用には `.git/info/exclude` に `.codiva/` を追記するところまでを自動で行います）。
+なお、監視対象そのものを減らしたい場合は、対象プロジェクト側で `.codiva` を開発サーバの監視除外設定に追加するのが確実です（git から隠す方は codiva が `.codiva/.gitignore` を置いて自動で済ませます。対象リポジトリの `.gitignore` は書き換えません）。
 
 ### デスクトップ通知
 
diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md
index 6900809..f1b2e5c 100644
--- a/docs/ARCHITECTURE.md
+++ b/docs/ARCHITECTURE.md
@@ -424,8 +424,8 @@ interface SessionState {
 
 - 前提チェック: Gitリポジトリか、HEAD が存在するか（コミット0のリポジトリでは worktree を作れない）。
 - `add(slug)`: `git worktree add .codiva/worktrees/<slug> -b codiva/<slug>` を現在の HEAD から作成。slug 衝突時は `-2`, `-3` を付与。
-- `.git/info/exclude` に `.codiva/` を自動追記（初回のみ）。
-- ignore 済みファイルの引き継ぎ: `ignoredFiles`（`'symlink'` | `'copy'` | `'none'`、既定 `'symlink'`）が `'none'` 以外なら、`git ls-files --others --ignored --exclude-standard --directory` で列挙した `.gitignore` 対象（`node_modules/`・`.env` など）をリポジトリルートから worktree へ引き継ぐ。git worktree は追跡対象しか引き継がないため、これで依存の再インストールや環境変数の再設定なしにセッションが即実行できる。`'symlink'` は `fs.symlink` で元へのリンクを張るだけ（複製コストゼロ・実体共有）、`'copy'` は `fs.cp` で実体を複製（worktree 完全独立・大きいと重い）。既定を `'symlink'` にしているのは、`node_modules/` 等の複製コストを避けて起動を速くするため。列挙結果のフィルタは純関数 `ignoredCopyEntries()` に切り出し（`.codiva/`・`.git` は再帰・内部状態破壊を避けるため必ず除外）、実体化はエントリ単位のベストエフォート（1件の失敗で worktree 作成を止めない）。設定値からモードへの解決は純関数 `resolveIgnoredFilesMode()`（非推奨 `copyIgnored` の後方互換: `true`→`'copy'` / `false`→`'none'`）。
+- `.codiva/.gitignore`（中身は `*` の 1 行）を自動生成（無いときだけ。起動時と `add()` の両方から `ensureIgnored()`）。`*` は同じディレクトリの `.gitignore` 自身にも一致するので、この 1 ファイルだけで `.codiva/` が丸ごと git から消える（cargo の `target/.gitignore` と同じ手）。**かつては `.git/info/exclude` へ追記していたが、`.git` はディレクトリとは限らない** — linked worktree / submodule では `gitdir:` を書いたただのファイルなので、そこで codiva を起動すると追記が ENOTDIR で失敗し、握り潰していなかったため worktree 作成ごと失敗していた。作業ツリー側のファイルなら git の内部配置に依存しない。既存の `.codiva/.gitignore` は上書きしない（利用者が例外を足しているかもしれない）。副作用として `git ls-files --others --ignored --directory` が `.codiva/` を 1 件に畳まなくなる（除外の出所がそのディレクトリの中にあるため git が中へ降りる）ので、引き継ぎ対象のフィルタは**先頭セグメント**で `.codiva` / `.git` を落とす（完全一致だと `.codiva/worktrees/` が引き継がれ、新 worktree の中に worktree 群自身へのリンクが張られて以後の `worktree remove` が ELOOP で失敗した）。
+- ignore 済みファイルの引き継ぎ: `ignoredFiles`（`'symlink'` | `'copy'` | `'none'`、既定 `'symlink'`）が `'none'` 以外なら、`git ls-files --others --ignored --exclude-standard --directory` で列挙した `.gitignore` 対象（`node_modules/`・`.env` など）をリポジトリルートから worktree へ引き継ぐ。git worktree は追跡対象しか引き継がないため、これで依存の再インストールや環境変数の再設定なしにセッションが即実行できる。`'symlink'` は `fs.symlink` で元へのリンクを張るだけ（複製コストゼロ・実体共有）、`'copy'` は `fs.cp` で実体を複製（worktree 完全独立・大きいと重い）。既定を `'symlink'` にしているのは、`node_modules/` 等の複製コストを避けて起動を速くするため。列挙結果のフィルタは純関数 `ignoredCopyEntries()` に切り出し（`.codiva/`・`.git` は再帰・内部状態破壊を避けるため、**配下も含めて先頭セグメントで**必ず除外）、実体化はエントリ単位のベストエフォート（1件の失敗で worktree 作成を止めない）。設定値からモードへの解決は純関数 `resolveIgnoredFilesMode()`（非推奨 `copyIgnored` の後方互換: `true`→`'copy'` / `false`→`'none'`）。
 - **ビルド生成物・キャッシュはモードに関係なく引き継がない**（`DEFAULT_IGNORED_EXCLUDES`）。`.gitignore` は依存（引き継ぎたい）と生成物（引き継ぎたくない）を区別しないため、`.next` / `dist` / `target` / `coverage` / `*.tsbuildinfo` 等の**既知の名前を列挙**して除外する。理由は (1) 生成物なのでセッション側で作り直せる、(2) 共有すると元リポジトリと各 worktree の開発サーバ／ビルドが同じ実体へ同時に書き込む、(3) worktree がリポジトリ配下（`.codiva/worktrees/<slug>`）にあるため、**ルートで再帰監視している開発サーバ（Next.js / Turbopack）からは自分が書き込んでいるディレクトリが worktree の数だけ別経路として見え**、変更通知が多重に跳ね返って OS ごとフリーズする（issue #81 の実測: worktree 6 個 + `next dev --turbopack`）。判定は純関数 `isExcludedIgnoredEntry()`（`/` 無しのパターンは**最終セグメント**に一致 = ネストした `apps/web/.next/` にも効く / `*` 前置は接尾一致 / **最後に一致したパターンが勝つ**）。名前の列挙は必ず外れるので、設定 `ignoredFilesExclude` で追加（`.venv`）と打ち消し（`!dist`）ができる（`ignoredExcludePatterns()` が既定の後ろに連結）。**リポジトリの `.gitignore` は書き換えない**方針は維持し、監視除外は利用者の設定に委ねる（README の該当節）。
 - **既存 worktree の後片付け**: 除外リストを増やしても、以前のバージョンが張ったリンクは残る（= フリーズ要因も残る）ので、起動時に `pruneExcludedLinks()`（`index.tsx` の preflight 直後・best-effort）で「いまの設定なら引き継がないエントリ」のリンクだけを外す。対象の列挙は純関数 `excludedIgnoredEntries()`（`ignoredCopyEntries()` の裏返し）で、worktree の中を走査しないのでコストは一定。**シンボリックリンクしか消さない**のが安全弁で、実体のディレクトリ（セッション自身のビルド結果でありうる）とリンク先（元リポジトリ）には触らない。
 - `diffStat(session)`: `git -C <worktree> diff <base>...HEAD --stat` 相当。未コミット変更がある場合はその旨も返す。
@@ -918,7 +918,7 @@ Ink 7.1.1 は `measure-text.js` と `wrap-text.js` で**上限のないモジュ
 | セッション = SDK `query()` 1本（サブプロセス1本） | SDK の設計単位に素直。プロセス分離により1セッションのクラッシュが他に波及しない |
 | streaming input を常用（単発 prompt を使わない） | 追加指示（F-6）と質問への回答（F-7）を同一機構で実現でき、セッションを開いたまま維持できる |
 | コアと UI の分離 + queryFn の DI | SDK もネットワークも不要なユニットテストを可能にする（N-3 の 80% カバレッジはこれが前提） |
-| worktree は `.codiva/worktrees/` 配下、exclude は `.git/info/exclude` | 対象リポジトリのファイルを一切汚染しない |
+| worktree は `.codiva/worktrees/` 配下、ignore は `.codiva/.gitignore`（`*`）で自己完結 | 対象リポジトリのファイルも `.git/` の中も汚染しない。`.git` がファイルの環境（linked worktree / submodule）でも動く |
 | アプリ終了時に worktree を消さない | N-4（作業内容の保全）。明示的な削除操作のみで消す |
 
 ## リスクと対応
diff --git a/docs/PRD.md b/docs/PRD.md
index 7683c5f..2931580 100644
--- a/docs/PRD.md
+++ b/docs/PRD.md
@@ -62,7 +62,7 @@ codiva は、対象のGitリポジトリで起動する TUI アプリケーシ
 
 - 実行環境: Node.js >= 20、macOS / Linux。ユーザーは `claude` CLI にログイン済み（または `ANTHROPIC_API_KEY` 設定済み）であること。
 - 技術スタック: TypeScript (strict, ESM) + Ink 7 + @anthropic-ai/claude-agent-sdk。詳細は TECH_NOTES.md。
-- worktree ディレクトリ `.codiva/` は対象リポジトリの `.git/info/exclude` に自動追記する（対象リポジトリの `.gitignore` を汚さない）。
+- worktree ディレクトリ `.codiva/` は `.codiva/.gitignore`（中身は `*` の 1 行）で自己完結的に ignore する（対象リポジトリの `.gitignore` も `.git/` の中も書き換えない）。
 
 ## 成功基準（MVP受け入れシナリオ）
 
diff --git a/docs/TECH_NOTES.md b/docs/TECH_NOTES.md
index 0085605..29674da 100644
--- a/docs/TECH_NOTES.md
+++ b/docs/TECH_NOTES.md
@@ -544,7 +544,9 @@ git merge --no-ff codiva/<slug>
 
 - コミットが1つもないリポジトリでは worktree を作れない → 起動時チェックで弾く（F-1）。
 - 同名ブランチ/worktree の衝突: slug に連番を付与。
-- `.git/info/exclude` への追記は `# codiva` マーカー行で冪等にする。
+- **`.codiva/` を git から隠すのは `.codiva/.gitignore`（中身は `*` の 1 行）**。`*` は同じディレクトリの `.gitignore` 自身にも一致するので、この 1 ファイルだけでディレクトリ全体が ignore される（cargo の `target/.gitignore` と同じ手）。無いときだけ書くので冪等。
+  - **`.git/info/exclude` への追記に戻さない**。`.git` はディレクトリとは限らない — linked worktree（`git worktree add` で作った作業ツリー）と submodule では `gitdir: <path>` を書いた**ただのファイル**なので、`<repo>/.git/info/exclude` への `appendFile` が **ENOTDIR** で失敗する（実測）。codiva 自身のリポジトリを codiva の worktree の中から開いた場合がまさにこれで、握り潰していなかったため worktree 作成ごと失敗していた。
+  - **副作用**: `.gitignore` の出所がそのディレクトリの中にあると、`git ls-files --others --ignored --exclude-standard --directory` は `.codiva/` を 1 件に畳まず中身まで列挙する（実測: `.codiva/` / `.codiva/.gitignore` / `.codiva/state.json` / `.codiva/worktrees/` の 4 件）。ignore 済みファイルの引き継ぎフィルタが完全一致（`entry === '.codiva'`）だと `.codiva/worktrees/` が引き継ぎ対象に化け、新しい worktree の中に worktree 群自身へのリンクが張られる → 以後の `git worktree remove` が `Too many levels of symbolic links` で失敗した。**先頭セグメントで判定する**（`isInternalEntry()`）。
 - git 実行は必ず `execFile`（シェル経由禁止。slug はサニタイズ済みだが多層防御）。
 - **worktree がリポジトリ配下にあることの副作用（issue #81 の実測）**: `.codiva/worktrees/<slug>` は
   プロジェクトルートの下なので、**ルートから再帰的にファイル監視する開発サーバ**（Next.js /
@@ -554,9 +556,9 @@ git merge --no-ff codiva/<slug>
   CPU / メモリ / FD を食い潰し **OS ごとフリーズ**（`node_modules` も同様に多重経路になる）。
   → 対策として、ビルド生成物・キャッシュは引き継ぎ対象から外した（`DEFAULT_IGNORED_EXCLUDES`。
   `node_modules` は依存なので引き継ぎを維持 —— Next.js / Vite 等の監視は `node_modules` を
-  既定で除外する）。監視そのものを軽くしたい場合は、利用者側で `.codiva` を `.gitignore` と
+  既定で除外する）。監視そのものを軽くしたい場合は、利用者側で `.codiva` を
   開発サーバの監視除外に足すのが確実（**codiva は対象リポジトリの `.gitignore` を書き換えない**ので、
-  git 用の除外は `.git/info/exclude` までに留める）。worktree の置き場所をリポジトリ外へ移す案は
+  git 用の除外は `.codiva/.gitignore` = 自分の持ち物の中までに留める）。worktree の置き場所をリポジトリ外へ移す案は
   取らない（`.codiva/worktrees/<slug>` 前提のパス・復元・`takenSlugs()` を崩さないため）。
 
 ## テスト戦略
diff --git a/src/core/worktree.spec.ts b/src/core/worktree.spec.ts
index 2736669..5dd9464 100644
--- a/src/core/worktree.spec.ts
+++ b/src/core/worktree.spec.ts
@@ -17,6 +17,21 @@ describe('ignoredCopyEntries', () => {
     expect(ignoredCopyEntries('')).toEqual([]);
   });
 
+  // `.codiva/.gitignore`（中身 `*`）を置くと ls-files が `.codiva/` を 1 件に畳まず
+  // 中身まで列挙する。`.codiva/worktrees/` を引き継ぐと新 worktree の中へ worktree 群
+  // 自身へのリンクが張られ、以後の `git worktree remove` が ELOOP で失敗する。
+  it('drops everything under .codiva/ and .git/, not just the exact dir', () => {
+    const raw = [
+      '.codiva/',
+      '.codiva/.gitignore',
+      '.codiva/state.json',
+      '.codiva/worktrees/',
+      '.git/hooks/',
+      '.env',
+    ].join('\n');
+    expect(ignoredCopyEntries(raw)).toEqual(['.env']);
+  });
+
   // issue #81: 生成物を共有すると開発サーバ同士が同じ実体へ書き込み、
   // ルートで再帰監視する開発サーバからは worktree の数だけ同じ木が見えてフリーズする。
   it('drops build output and caches by default', () => {
diff --git a/src/core/worktree.ts b/src/core/worktree.ts
index b844633..d20c142 100644
--- a/src/core/worktree.ts
+++ b/src/core/worktree.ts
@@ -167,6 +167,22 @@ export function ignoredExcludePatterns(extra?: readonly string[]): readonly stri
     : DEFAULT_IGNORED_EXCLUDES;
 }
 
+/**
+ * codiva 自身の作業ディレクトリ（`.codiva/`）と git の内部（`.git`）配下か。
+ *
+ * **先頭セグメントで判定する**（`entry === '.codiva'` の完全一致では足りない）。
+ * `.codiva/.gitignore` を置いてからは `git ls-files --others --ignored --directory` が
+ * ディレクトリを 1 件に畳まず、`.codiva/` に加えて `.codiva/.gitignore` /
+ * `.codiva/worktrees/` まで個別に列挙する（除外の出所がそのディレクトリの中にあるため
+ * git が中へ降りる）。完全一致だけだと `.codiva/worktrees/` が引き継ぎ対象に化け、
+ * 新しい worktree の中へ worktree 群自身へのリンクが張られる（実測: 以後の
+ * `git worktree remove` が ELOOP「Too many levels of symbolic links」で失敗した）。
+ */
+function isInternalEntry(entry: string): boolean {
+  const head = entry.replace(/\/+$/, '').split('/')[0];
+  return head === CODIVA_DIR || head === '.git';
+}
+
 /**
  * `ignoredCopyEntries()` の裏返し: 生出力のうち**除外されたエントリ**を返す純関数
  * （`.codiva/` と `.git` はそもそも引き継がないのでここにも含めない）。
@@ -183,13 +199,7 @@ export function excludedIgnoredEntries(
     .split('\n')
     .map((line) => line.trim())
     .filter(Boolean)
-    .filter((entry) => {
-      const normalized = entry.replace(/\/$/, '');
-      if (normalized === CODIVA_DIR || normalized === '.git') {
-        return false;
-      }
-      return isExcludedIgnoredEntry(entry, excludes);
-    });
+    .filter((entry) => !isInternalEntry(entry) && isExcludedIgnoredEntry(entry, excludes));
 }
 
 /**
@@ -210,11 +220,5 @@ export function ignoredCopyEntries(
     .split('\n')
     .map((line) => line.trim())
     .filter(Boolean)
-    .filter((entry) => {
-      const normalized = entry.replace(/\/$/, '');
-      if (normalized === CODIVA_DIR || normalized === '.git') {
-        return false;
-      }
-      return !isExcludedIgnoredEntry(entry, excludes);
-    });
+    .filter((entry) => !isInternalEntry(entry) && !isExcludedIgnoredEntry(entry, excludes));
 }
diff --git a/src/main.tsx b/src/main.tsx
index 04f3829..af9e9df 100644
--- a/src/main.tsx
+++ b/src/main.tsx
@@ -90,6 +90,10 @@ async function main(): Promise<void> {
     process.stderr.write(`codiva: ${errorMessage(err)}\n`);
     process.exit(1);
   }
+  // `.codiva/` を git から隠す（中身が `*` だけの `.codiva/.gitignore`）。セッションを 1 つも
+  // 作らなくても `.codiva/state.json` / `prompt.md` は書かれるので、worktree 作成時ではなく
+  // 起動時に置く。best-effort で起動は止めない。
+  await worktrees.ensureIgnored().catch(() => undefined);
   // 以前のバージョン（あるいは前回の設定）が張った「もう引き継がないパス」のリンクを外す。
   // 残っていると生成物の共有＝開発サーバのフリーズ要因も残るため（issue #81）。リンクだけを
   // 外すので指し先は無傷。best-effort で起動は止めない。
diff --git a/src/utils/worktree-manager.spec.ts b/src/utils/worktree-manager.spec.ts
index 4e88b10..bb06df8 100644
--- a/src/utils/worktree-manager.spec.ts
+++ b/src/utils/worktree-manager.spec.ts
@@ -78,13 +78,42 @@ describe('WorktreeManager', () => {
       repo = await makeRepo(true);
     });
 
-    it('creates a worktree on a codiva/ branch and excludes .codiva', async () => {
+    it('creates a worktree on a codiva/ branch and ignores .codiva', async () => {
       const wm = new WorktreeManager(repo);
       const wt = await wm.add('feature');
       expect(wt.branch).toBe('codiva/feature');
       expect(wt.path).toContain(join('.codiva', 'worktrees', 'feature'));
-      const exclude = await readFile(join(repo, '.git', 'info', 'exclude'), 'utf8');
-      expect(exclude).toContain('.codiva/');
+      // `.codiva/.gitignore` の `*` は自分自身にも一致するので、`.codiva/` は
+      // 中身ごと git から消える（対象リポジトリの .gitignore も .git も触らない）。
+      expect(await readFile(join(repo, '.codiva', '.gitignore'), 'utf8')).toBe('*\n');
+      expect((await g(repo, 'status', '--porcelain')).stdout).toBe('');
+      expect((await g(repo, 'check-ignore', '.codiva/.gitignore')).stdout).toContain(
+        '.codiva/.gitignore',
+      );
+    });
+
+    it('leaves an existing .codiva/.gitignore alone', async () => {
+      await mkdir(join(repo, '.codiva'), { recursive: true });
+      await writeFile(join(repo, '.codiva', '.gitignore'), '*\n!keep-me\n');
+      await new WorktreeManager(repo).add('feature');
+      expect(await readFile(join(repo, '.codiva', '.gitignore'), 'utf8')).toBe('*\n!keep-me\n');
+    });
+
+    // `.git` は linked worktree / submodule では `gitdir:` を書いたただのファイル。
+    // `.git/info/exclude` へ追記していた頃はここで ENOTDIR になり worktree 作成ごと失敗した。
+    it('works when the repo root is itself a linked worktree (.git is a file)', async () => {
+      const parent = await mkdtemp(join(tmpdir(), 'codiva-linked-'));
+      const linked = join(parent, 'checkout');
+      try {
+        await g(repo, 'worktree', 'add', linked, '-b', 'linked');
+        expect((await lstat(join(linked, '.git'))).isFile()).toBe(true);
+        const wt = await new WorktreeManager(linked).add('nested');
+        expect(wt.branch).toBe('codiva/nested');
+        expect(await readFile(join(linked, '.codiva', '.gitignore'), 'utf8')).toBe('*\n');
+        expect((await g(linked, 'status', '--porcelain')).stdout).toBe('');
+      } finally {
+        await rm(parent, { recursive: true, force: true });
+      }
     });
 
     it('reports committed and uncommitted changes via diffStat', async () => {
diff --git a/src/utils/worktree-manager.ts b/src/utils/worktree-manager.ts
index 6aca0eb..9074d10 100644
--- a/src/utils/worktree-manager.ts
+++ b/src/utils/worktree-manager.ts
@@ -1,14 +1,4 @@
-import {
-  appendFile,
-  cp,
-  lstat,
-  mkdir,
-  readdir,
-  readFile,
-  rm,
-  symlink,
-  unlink,
-} from 'node:fs/promises';
+import { cp, lstat, mkdir, readdir, rm, stat, symlink, unlink, writeFile } from 'node:fs/promises';
 import { dirname, join } from 'node:path';
 import {
   CODIVA_DIR,
@@ -25,7 +15,12 @@ import {
 import { GitError, git } from './git';
 
 const WORKTREES_SUBDIR = join(CODIVA_DIR, 'worktrees');
-const EXCLUDE_MARKER = '# codiva';
+/**
+ * `.codiva/.gitignore` の中身。`*` は同じディレクトリにある `.gitignore` 自身にも
+ * 一致するので、この 1 行だけで `.codiva/` が丸ごと（この除外ファイルごと）git から
+ * 見えなくなる（cargo が `target/.gitignore` でやっているのと同じ手）。
+ */
+const SELF_IGNORE = '*\n';
 
 /**
  * Paths out of `git status --porcelain` output.
@@ -46,8 +41,9 @@ function porcelainPaths(raw: string): string[] {
 /**
  * Creates and tears down git worktrees for sessions. Every worktree lives under
  * `.codiva/worktrees/<slug>` on branch `codiva/<slug>`, branched from the repo's
- * current HEAD. The repo's own files are never modified except a one-time
- * `.git/info/exclude` entry for `.codiva/`.
+ * current HEAD. The repo's own files are never modified — the only thing codiva
+ * writes outside its worktrees is `.codiva/.gitignore` (a single `*`), which hides
+ * `.codiva/` from git without touching the repo's `.gitignore` or git internals.
  *
  * I/O ラッパ（fs + git 実行の具象）なので utils レイヤに置く。純粋な型・判定
  * （Worktree / DiffStat / MergeConflictError / ignoredCopyEntries）は core/worktree.ts。
@@ -122,14 +118,30 @@ export class WorktreeManager {
     return taken;
   }
 
-  private async ensureExcluded(): Promise<void> {
-    const excludePath = join(this.repoRoot, '.git', 'info', 'exclude');
-    const current = await readFile(excludePath, 'utf8').catch(() => '');
-    if (current.includes(EXCLUDE_MARKER)) {
+  /**
+   * `.codiva/` を git から隠す。作業ツリー側に `.codiva/.gitignore`（中身は `*`）を置くだけで、
+   * 除外ファイル自身を含むディレクトリ全体が ignore される（`SELF_IGNORE` 参照）。
+   *
+   * かつては `.git/info/exclude` へ `.codiva/` を追記していたが、**`.git` はディレクトリとは
+   * 限らない**（linked worktree や submodule では `gitdir:` を書いたただのファイル）。そこで
+   * codiva を起動すると追記が ENOTDIR で失敗し、握り潰していなかったため worktree 作成ごと
+   * 失敗していた。作業ツリー側のファイルなら git の内部配置に依存せず、対象リポジトリの
+   * `.gitignore` も汚さない（`.codiva/` の中は codiva の持ち物）。
+   *
+   * 既にファイルがあれば触らない（利用者が例外パターンを足しているかもしれない）。
+   * 呼び出し側は失敗を握り潰す — 除外はあくまで気遣いで、セッションの動作には要らない。
+   */
+  async ensureIgnored(): Promise<void> {
+    const path = join(this.repoRoot, CODIVA_DIR, '.gitignore');
+    const exists = await stat(path).then(
+      () => true,
+      () => false,
+    );
+    if (exists) {
       return;
     }
-    const prefix = current.length > 0 && !current.endsWith('\n') ? '\n' : '';
-    await appendFile(excludePath, `${prefix}${EXCLUDE_MARKER}\n${CODIVA_DIR}/\n`);
+    await mkdir(join(this.repoRoot, CODIVA_DIR), { recursive: true });
+    await writeFile(path, SELF_IGNORE);
   }
 
   /**
@@ -139,7 +151,7 @@ export class WorktreeManager {
    * origin-follow starts work from the latest upstream commit.
    */
   async add(slug: string, startPoint?: string): Promise<Worktree> {
-    await this.ensureExcluded();
+    await this.ensureIgnored().catch(() => undefined);
     await mkdir(join(this.repoRoot, WORKTREES_SUBDIR), { recursive: true });
     const relPath = join(WORKTREES_SUBDIR, slug);
     const branch = `codiva/${slug}`;