fix(autopilot): merge 済みでも GitHub issue 状態と Project Close が同期しない（非デフォルト base / EPIC）

[smalruby3-editor-bot]

概要

PR がマージ済みでも、Issue の GitHub close 状態と Project の Close ステータスが一致しないケースがある。
非デフォルト base 宛て PR（EPIC サブ）や EPIC 本体で顕在化する。#738 / #839 / #840 で実際に発生し、手動で整合させた。

観測した不整合（2 方向）

ケース	GitHub issue	Project Status	原因
A. leaf が epic ブランチに merge（#839/#840、PR が topic/koshien-epic-738 宛て）	OPEN のまま	Close	applyMergeProgression は Project フィールドを書くだけで GitHub issue を close しない。非デフォルト base なので GitHub の Closes #N 自動 close も効かない
B. EPIC の統合 PR が develop に merge（#738、PR #761 が topic/koshien-epic-738→develop）	CLOSED（Closes #738 で自動 close）	Review のまま	selectMergeCandidates が EPIC を除外するため、EPIC の Project ステータスが merge 後に更新されない

修正方針（tools/autopilot/、.claude/ 非依存 = autopilot 実装可）

Fix A: merge-progression が GitHub issue も close する

daemon.js の applyMergeProgression で、leaf を Close へ前進させたら GitHub issue も close する
（project.closeIssue(repo, issue, token) 新設 = gh issue close。既に閉じていれば no-op で冪等）。
これで非デフォルト base 宛て PR でも issue が確実に閉じる。

Fix B: 「closed issue → Project Status=Close」の整合パス

tick に整合パスを追加（純粋判定 + I/O 分離）:

• 閉じている issue 番号集合を取得（gh issue list --repo <repo> --state closed --limit 1000 --json number。
  ※ gh project item-list の content には state が無い）。
• 純粋関数 selectClosedToReconcile(items, closedSet): issue が closed かつ Project Status が Close/終端でない item を返す。
• それらに Status=Close + AI Status クリアを適用（EPIC も対象に含める）。実行中(running)の item は触らない。
  これで EPIC（feat: スモウルビー甲子園 拡張機能の本格対応（ブロック挙動 + 実サーバー通信）[Epic] #738 型）や、人手で閉じた issue も Project が Close に揃う。

両 Fix で「GitHub issue 状態 ⇄ Project Close」が双方向に整合する。

受け入れ条件

• leaf の関連 PR がどの base に merge されても、Project=Close かつ GitHub issue も close される
• EPIC の統合 PR が merge されて issue が closed になったら、Project Status も Close になる
• 既に Close/closed の item には二重処理しない（冪等）。running 中の item は触らない
• 純粋関数 selectClosedToReconcile の node:test を追加（cd tools/autopilot && node --test 緑）

参考（手動で整合させた実例）

• feat: スモウルビー甲子園 拡張機能の本格対応（ブロック挙動 + 実サーバー通信）[Epic] #738: issue=CLOSED だが Project=Review → Project=Close に手動修正
• fix(ruby-generator): v1 でリスト要素読み出しが配列記法 $名前[N] を出力し v1 で再変換できない (list() 記法にする) #839 / fix(koshien): 「AIを試す」で不要な保存処理が走る — モーダルを開くだけにする #840: Project=Close だが issue=OPEN → GitHub issue を手動 close