From 628705d3a9ec3ce4d5e9ebe8f5bc28da0b9036d2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Zhixin Eason Li Date: Tue, 4 Aug 2026 16:34:14 -0400 Subject: [PATCH 1/3] task_20260804: record ADC Seed Playbook v0.1 implementation run Audit record for an external run implementing the Target-centered ADC Seed Playbook v0.1 in six modules. No code, contract, Gate, test or data change. Headline result: the playbook requires no architecture change. All 34 mapped rows of its two chains, seed structure, admission standard, entry threshold and five pause points land on the frozen 45-Gate topology and existing contract shapes; zero require a new contract. This independently confirms the playbook's own section 7 and consumes none of the monthly architecture-repair window. The Seed is v5 ClinicalHypothesis with entry_mode mature-target-first, and the Seed Admission Standard is CandidateFilterResult whose filter_policy_ref must be external, so the policy belongs outside the repository by design. Stress test of three targets, one per source class, advanced none of them: two EXPLORATION and one HOLD, with protein-level expression, prevalence distribution and the uncertainty-shape condition blocking all three. One shared immunohistochemistry panel would unblock every retained seed at once. The run has no authorising PR, and PR #52 and #53 are both open and unapproved. Both conflicts were raised before acting and the human lead directed that the work proceed module by module and be reviewed together. Recorded in the run's status, manifest, report and worklog rather than concealed. Ratification is the reviewer's decision; the executor does not claim it as settled. Co-Authored-By: Claude Opus 5 --- ...2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md | 197 ++++++++++++++++++ logs/worklog.md | 28 +++ 2 files changed, 225 insertions(+) create mode 100644 docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md diff --git a/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md new file mode 100644 index 0000000..507538f --- /dev/null +++ b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md @@ -0,0 +1,197 @@ +# 任务交接备忘：Target-centered ADC Seed Playbook v0.1 实施与压力测试（外部 run 留痕） + +- 任务编号：`task_20260804_adc-seed-playbook-v0.1` +- 分支：`task_20260804_adc-seed-playbook-v0.1`（从 `main` `dcc94a7` 创建） +- 当前状态：`PENDING_CHATGPT_REVIEW` +- 任务性质：外部运行留痕（audit record for an external run） +- 代码变更：`NO_CODE_CHANGE` +- Gate 变更：`NO_GATE_CHANGE` +- 测试变更：`NO_TEST_CHANGE` +- 契约变更：`NO_CONTRACT_CHANGE` +- 架构变更：`NO_ARCHITECTURE_CHANGE`（结论，非假设，见第 3 节） + +**本 PR 不适用 `AGENTS.md`「审核豁免」。** 该豁免只覆盖 `prompts/GPT-Feedback.md`；本 PR 提交的是 +handoff 与 worklog，落在允许集合之外，须经 ChatGPT `APPROVE` 后方可合并。 + +## 1. 来源与指示 + +人类负责人指示：读取 `5.Archive/ChatGPT/2026-GPT-Biotech#Target-centered ADC Seed Playbook v0.1`， +**分步骤分模块做完后再一起审核**（不逐模块送审）。 + +引用中的 `#` 是 Obsidian 标题链接，故实际目标为 +`Zhixins-KB/5.Archive/ChatGPT/2026-GPT-Biotech.md` 的 `Target-centered ADC Seed Playbook v0.1` 一节， +即该 45,830 行文件的第 1-382 行。已全文读取。 + +## 2. 授权状态（须裁决） + +**该外部 run 在执行时没有授权 PR。如实记录，不作辩解。** + +与前一个 run 相同的两条冲突仍然成立：`AGENTS.md` 第 23 行把「外部数据运行」列入必须通过 PR 交付并送审 +的范围；第 24 行禁止在当前 PR 获 `APPROVE` 前开始下一项工作，而 **PR #52 与 PR #53 均处于 `OPEN` 且 +未批准**。两条均已向人类负责人提出，人类负责人指示继续并在完成后统一审核。 + +后果写入产物本身而非隐去：run `status` = `draft_pending_repo_review`，`authorising_pr` = `null`， +`source_manifest.json` 的 `authorisation_status` 与 `run_report.md`「Governance status」一节记录同一 +事实。**执行者不主张既成事实**；若裁决为不可追认，产物应作废重跑。 + +## 3. 最重要的结论：本 playbook 不需要改架构 + +**M1 将 playbook 完整映射到冻结拓扑，34 行中需要新契约的为 0 行**（32 行 full coverage，2 行 partial）。 + +这一点关键，因为架构今日刚冻结、每月只有一次修复额度；而 playbook 自己的第七节也明确说「框架已经足够」、 +当前更高价值的动作是跑通一个真实闭环而不是继续扩框架。两个约束方向一致，M1 是**独立验证**这一致性而非 +假设它。**本次不消耗月度架构修复额度。** + +映射要点： + +- 左链 10 步 → T0-T7 加 P34；右链 17 步 → T7-T11 再 P20-P35，FTO 落在 C45/C46/C49。 +- 第六节五个停顿点 → T12、P20、P27、P32/P33、P35，均不隐含新 Gate。 +- **Seed 就是 v5 `ClinicalHypothesis` + `entry_mode = mature-target-first`。** playbook 从 + 「indication → target → ADC」转向 target 为中心的重构，已于 2026-08-03 被 v5 吸收。 +- **Seed Admission Standard 就是 `CandidateFilterResult`**，契约明确写了它不是 Gate；其 + `filter_policy_ref` 必须是 `external:`，因此该 policy **按设计**属于仓库之外，不是让步。 +- 第八节把 Gate 重新表述为资本分配而非评分，是对既有 `output_semantics`（`null_is_not_zero`、 + `nullable_domain_values_mean_unknown`、`missing_information_is_explicit`、禁止总分覆盖 hard fail） + 的重述，不是改动。 + +两行 partial，记录而未解决：R-05 shedding／soluble antigen 无专属 Gate；S-02 playbook 把 +ADC-grade antibody 放进 Seed，而 `BinderCandidate` 位于 `TargetHypothesis` 下游，`ProductHypothesis` +以约束形式表达抗体要求。 + +## 4. 数据边界 + +**本 PR 不引入任何数据、结果或运行产物。** 全部产物位于仓库之外： + +``` +/Volumes/Stelligen_SSD/Stelligen/DATA/2.PROJECTS/Stelligen-ADCdev-OS/result/ + gen_iet_adc_seed_playbook_v0.1_20260804T201605Z/ +``` + +已验证仓库工作树未被该 run 触碰。**未运行任何 Gate，未赋任何 Gate score**； +`RETAIN`/`DEFER`/`EXCLUDE` 属 `CandidateFilterResult` 语义，按契约明确不是 Gate 结果； +`NOT_EVALUATED` 与 `UNRESOLVED` 全程保留未降级为 PASS；T0-T12 未执行，45-Gate 拓扑未触碰。 + +## 5. 六个模块产出 + +| 模块 | 产物 | 规模 | +|---|---|---| +| M1 映射到冻结拓扑 | `m1_playbook_to_gate_map.tsv` | 34 行，需新契约 **0** | +| M2 Seed Admission Standard | `m2_seed_admission_standard.tsv` | 36 行：5 决策规则／21 类别准则／8 致命否决／2 排序规则 | +| M3 Seed Discovery Sprint | `m3_seed_discovery_sprint.tsv` | 17 靶点：8 RETAIN／7 DEFER／2 EXCLUDE | +| M4 抗体开发进入门槛 | `m4_antibody_entry_threshold.tsv` | 10 条件 + 1 指针行 | +| M5 三靶点压力测试 | `m5_three_target_stress_test.tsv` | 30 条件行 + 3 决策 | +| M6 Gate 决策价值 | `m6_gate_decision_value.tsv` | 14 条发现（6 high） | + +M2 补了三条 playbook 隐含但未写明的决策规则：RNA 永不满足任一类别（外部工作区规则 3 无例外）； +证据缺失记为未满足且永不构成否决；disposition 三值化，2/4 且无否决时 DEFER 而非淘汰。 + +M4 的 AE-06 内吞**故意设为非阻断**，因为 playbook 明确说只有抗体实验能回答它，设为阻断会制造第五节 +自己警告的无限研究。AE-10（最大剩余不确定性必须只能由抗体／ADC 实验回答）是决定性条件。M4 +**未复述**第五节的排序规则，改为指向 M2 的 SEQ-01／SEQ-02，理由是 EXT-02 曾因同一值存在两处而漂移。 + +## 6. 压力测试结果：无一进入 PROVISIONAL_ADVANCE + +| 靶点 | 类别 | 达标 | 阻断条件 | 决策 | +|---|---|---|---|---| +| GUCY2C | A 已部分 derisk | 7/10 | AE-02、AE-03、AE-10 | `EXPLORATION` | +| CDH17 | B 证据强但 ADC 开发不足 | 5/10 | AE-02、AE-03、AE-07、AE-10 | `EXPLORATION` | +| TNFRSF12A | C 来自 cell-state／atlas | 2/10 | AE-02..05、07、08、AE-10 | `HOLD` | + +**GUCY2C 是最有信息量的一例。** 它完全 derisk、无竞争否决、且是既有 consensus 首选，仍然不够资格投入 +抗体开发——因为其主要不确定性（indusatumab vedotin 为何败在疗效、转移灶表达是否均一）可由 IHC 与既有 +试验读出回答。这个结论**只由 AE-10 产生**；没有 AE-10，就会花钱去学一件更便宜的事能回答的问题。 + +**CDH17 的阻断问题异常便宜**：连接部定位可能把表位埋在相邻细胞之间，而这可用现有研究抗体染**完整** +组织（而非解离细胞）来判定，不需要任何构建体。 + +**TNFRSF12A 被正确地 HOLD 而非 FAIL**，因为其阻断证据是缺失而非阴性；其中若干问题是免费的公开查询。 + +## 7. M6 主要发现 + +- **组合受限于数据集而非 Gate。** 已测量：三个靶点阻断集合的交集恰为 AE-02、AE-03、AE-10。**一次** + 跨靶点的配对原发／转移 MSS CRC 组织 IHC panel 可同时解锁全部已录入 seed。在该 panel 存在之前， + 继续设计规则不会推动任何事。这是两次 run 中识别出的最高杠杆动作。 +- **AE-10 是唯一改变了结论的条件。** +- **结构性缺陷：全部 4 个 class C 靶点均未获录入。** playbook 给 novel／atlas／cell-state 靶点分配 + 20-30% 额度，而录入标准要求 3/4 类别由蛋白级或临床 modality 证据满足；新靶点按定义缺少此类已发表 + 证据，因此 **class C 无法走同一道门**，该额度按现写法是装饰性的。修法不是放宽标准，而是给 class C + 一条基于**内部** atlas 证据的独立录入路径——这正是 Cancer Atlas 的用途；否则应删掉该额度，不要再把 + novel 靶点描述为「在探索」。 +- **两个淘汰都是竞争性而非生物学性的**（MET、ERBB2 各满足 4/4 类别，仅因 FV-06 出局）。seed 阶段 + C-chain 杀掉的比 T-chain 生物学 Gate 更多。 +- **决策价值 ≠ 信息可得性。** T7／T11／T2／C42／T12 改变了 disposition；T3 与 T10 没有且结构上不能 + ——playbook 自己说 ADC 靶点不必是 driver，故 T3 阴性不杀 seed；而几乎任何表面蛋白都能找到抗体，故 + T10 几乎总是通过。填充它们很便宜，但不可误认为进展，这正是第四节警告的「退化成数据库工程」。 +- **五类证据永远无法由公开数据关闭**：治疗后／耐药灶保留、分布而非均值、内吞通量、单细胞表面拷贝数、 + 原位表位可及性。其中拷贝数与原位可及性对每个保留靶点都是决定性的。把它们当作「待查文献」会无限期 + 拖住整个组合。 +- **系统过松之处只有一处**：shedding／soluble antigen 无专属决策点，而它是 CEACAM5、MUC1、MSLN 的既 + 载失败模式，占 17 个 sprint 靶点的约 18%。**建议不加 Gate**——拓扑已冻结，冻结的价值高于整齐；改为 + 在 T7 下定义显式 shedding 证据 claim class，属 policy 变更，无需契约变更。 + +## 8. 建议 + +1. **跑一次共用 IHC panel**（GUCY2C／CDH17／GPA33／LY6G6D，配对原发与转移 MSS/pMMR CRC 组织，按强度、 + 阳性细胞百分比、均一性评分）。 +2. **取得 indusatumab vedotin 试验的靶点表达与响应数据**，它决定 GUCY2C 的失败是载荷受限还是靶点受限， + 而该答案会传导到整个组合的载荷选择。 +3. **染完整 CDH17 阳性组织**，判定原位表位可及性。 +4. **先跑 TNFRSF12A 的免费公开检查**（正常组织图谱、膜定位、ectodomain 大小）再谈其他投入。 +5. **在下一轮 sprint 前决定 class C 的录入路径**，或删掉该额度。 +6. **不要改架构**；以上全部作为外部 policy 与 run 记录实施。 + +随后用同一模板重跑 M5 并对比。**模板才是实验，跑一遍不是。** + +## 9. 本次产出明确不支持什么 + +- **M1 的映射是对照实际契约文件与 Gate 目录做出的，可复核；M3 与 M5 的靶点判断不是**，属模型领域知识， + 标注为 `derived_not_calibrated` 或 `unverified_domain_prior`。两者不可等同置信。 +- **DPEP1 与 TSPAN8 是为填满 class C 额度而纳入的**，非既有实证，且两者均 DEFER。此举诚实但薄弱，其 + 本身即为 F-03 的证据。 +- 未执行 skeptic review pass，故 8 个已录入 seed 是待审候选而非推荐。 +- 三靶点选择遵循第七节的处方，但每类 n=1，类别层面的结论各只有一个例子支撑。 + +## 10. 明确未改动 + +- 无任何代码、契约、Gate 拓扑、Model、Profile、生命周期、核心对象或测试变更。 +- 未改动 `AGENTS.md`、`ChatGPT-Codex-talk.md`、Phase Gate 协议、`prompts/GPT-Feedback.md`。 +- 未改写任何历史 worklog 条目或既有 handoff 内容。 +- 未把数据、缓存、结果或运行产物加入仓库。 +- 未改动来源 KB 文件；仅读取。 +- 未改动 08-02 与 08-04 早先两次 run 的既有产物。 + +## 11. 验证 + +```text +命令：PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_*.py' +结果：Ran 207 tests —— OK（与 `main` 相同，本 PR 不含代码或测试变更） + +命令：bash scripts/verify_repository_boundary.sh +结果：Repository boundary check passed. + +命令：git diff --check +结果：通过 + +零 `__pycache__`；仓库工作树是否被外部 run 触碰：未被触碰（已验证） +``` + +外部产物一致性（在外部工作区执行，不写入本仓库）：六份模块 TSV 列数分别为 9／9／14／7／8／7，各自内部 +一致；`source_manifest.json` 为合法 JSON。M5 中两个决策行原写 met-count 为 6 与 1，与实测 5 与 2 不符， +已按实测值更正而非保留原文。 + +## 12. 未决问题与风险 + +- **授权状态未决**，见第 2 节，为本 PR 首要待裁决事项。 +- **class C 录入路径未定**（F-03），影响下一轮 sprint 是否名实相符。 +- **S-02 顺序差异待确认**（F-13）：playbook 是否要求 Seed 录入前必须已存在真实 binder。若是，则与其 + 自身 class B 定义（有 binder 但无成熟 ADC）冲突。当前按「约束」解读推进，请人类负责人确认。 +- shedding 证据 claim class 尚未定义（F-09）。 +- 架构冻结后的月度修复窗口仍无机制记录「本月是否已用」；本次未使用，但该事实只靠本文件记录。 +- PR #52、#53 仍 `OPEN` 未批准。 +- `AGENTS.md` 无测试守卫；豁免三路径无机制强制；CI 不覆盖 macOS；54 个已合并分支待清理（破坏性操作， + 须明确授权）。 + +## 13. 下一步 + +- 提交 ChatGPT 审核本 PR，重点为第 2 节授权裁决与第 3 节「不需要改架构」的结论是否成立。 +- 获 `APPROVE` 后由人类负责人决定合并。 diff --git a/logs/worklog.md b/logs/worklog.md index 77a2618..67056ae 100644 --- a/logs/worklog.md +++ b/logs/worklog.md @@ -2245,3 +2245,31 @@ Purpose: append a detailed timestamped record of what was done, how it was done, - Boundary: 未改动任何代码、契约、Gate 拓扑、Model、Profile、生命周期、核心对象或测试；未改动 `prompts/GPT-Feedback.md` 本身；未删改两份治理文本的任何既有规则；未删改原 handoff 任何原有文字。 - Validation: 207 tests 全部通过（Round 1 时为 192，本分支已并入 PR #50 的 15 项边界测试）；`scripts/verify_repository_boundary.sh` 通过；`git diff --check` 通过；`git diff -- prompts/GPT-Feedback.md` 为空。 - Next: 推送同一 PR #51 并提交 ChatGPT 复审。本 PR 现在也受 CI 覆盖。 + +## 2026-08-04T16:16:05-04:00 — Target-centered ADC Seed Playbook v0.1 实施与压力测试（外部 run 留痕） + +- Instruction: 人类负责人指示读取 `5.Archive/ChatGPT/2026-GPT-Biotech#Target-centered ADC Seed Playbook v0.1`，**分步骤分模块做完后再一起审核**（不逐模块送审）。 +- Reference resolution: 引用中的 `#` 是 Obsidian 标题链接，实际目标为 `Zhixins-KB/5.Archive/ChatGPT/2026-GPT-Biotech.md` 的同名标题一节，即该 45,830 行文件第 1-382 行；已全文读取。 +- Governance conflict raised before acting: 与前一 run 相同的两条冲突仍成立——第 23 行把「外部数据运行」列入必须走 PR 审核的范围；第 24 行禁止在当前 PR 获 `APPROVE` 前开始下一项工作，而 PR #52 与 #53 均 `OPEN` 未批准。已提出，人类负责人指示继续并完成后统一审核。 +- Action: 执行外部 run `gen_iet_adc_seed_playbook_v0.1_20260804T201605Z`，产物全部位于仓库之外；已验证仓库工作树未被触碰。run `status` = `draft_pending_repo_review`，`authorising_pr` = `null`，冲突全文记入 manifest 与报告。**执行者不主张既成事实**；若裁决为不可追认，产物应作废重跑。 +- Headline result: **M1 将 playbook 完整映射到冻结的 45-Gate 拓扑，34 行中需要新契约的为 0 行**（32 full／2 partial）。这独立验证了 playbook 第七节自己的判断（框架已足够，当前应跑通真实闭环而非扩框架），也意味着**本次不消耗月度架构修复额度**。 +- M1 detail: 左链 10 步 → T0-T7 加 P34；右链 17 步 → T7-T11 再 P20-P35，FTO 落 C45/C46/C49；第六节五个停顿点 → T12/P20/P27/P32-P33/P35，均不隐含新 Gate。**Seed 即 v5 `ClinicalHypothesis` + `entry_mode = mature-target-first`**（该重构已于 08-03 被 v5 吸收）；**Seed Admission Standard 即 `CandidateFilterResult`**，其 `filter_policy_ref` 必须为 `external:`，故 policy 按设计属仓库之外而非让步；第八节「Gate 是资本分配而非评分」是对既有 `output_semantics` 的重述而非改动。 +- M1 partial recorded not resolved: R-05 shedding／soluble antigen 无专属 Gate；S-02 playbook 把 ADC-grade antibody 放进 Seed，而 `BinderCandidate` 在 `TargetHypothesis` 下游，`ProductHypothesis` 以约束形式表达该要求。 +- Change M2: Seed Admission Standard 落为 36 行可审计规则（5 决策规则／21 类别准则／8 致命否决／2 排序规则）。补了三条 playbook 隐含但未写明的规则：RNA 永不满足任一类别（外部工作区规则 3 无例外）；证据缺失记为未满足且永不构成否决；disposition 三值化，2/4 且无否决时 DEFER。 +- Change M3: sprint 覆盖 17 靶点（8 class A／5 class B／4 class C，class C 占 23.5%，在 playbook 20-30% 上限内），结果 8 RETAIN／7 DEFER／2 EXCLUDE。 +- Change M4: 抗体开发进入门槛落为 10 条件。AE-06 内吞**故意非阻断**（playbook 明确只有抗体实验能回答，设为阻断会制造其自身警告的无限研究）；AE-10 为决定性条件。**未复述**第五节排序规则，改为指向 M2 SEQ-01／SEQ-02，理由是 EXT-02 曾因同一值存在两处而漂移。 +- Change M5: 按第七节以同一模板压力测试三靶点。GUCY2C 7/10 `EXPLORATION`、CDH17 5/10 `EXPLORATION`、TNFRSF12A 2/10 `HOLD`——**无一进入 `PROVISIONAL_ADVANCE`**。实测三者阻断集合交集恰为 AE-02、AE-03、AE-10。 +- Correction: M5 两个决策行原写 met-count 为 6 与 1，与实测 5 与 2 不符，已按实测值更正而非保留原文。 +- Finding (high): **组合受限于数据集而非 Gate。** 一次跨靶点的配对原发／转移 MSS CRC 组织 IHC panel 可同时解锁全部已录入 seed；在该 panel 存在前，继续设计规则不推动任何事。这是两次 run 中最高杠杆的动作。 +- Finding (high): **AE-10 是唯一改变了结论的条件**——完全 derisk、无竞争否决、且为既有 consensus 首选的 GUCY2C 被它挡在 `EXPLORATION`，避免了花钱去学一件 IHC 就能回答的问题。 +- Finding (high): **结构性缺陷——全部 4 个 class C 靶点均未获录入。** playbook 给 novel／atlas／cell-state 靶点分配 20-30% 额度，而录入标准要求 3/4 类别由蛋白级或临床 modality 证据满足，新靶点按定义缺此类已发表证据，故 class C 无法走同一道门，该额度按现写法是装饰性的。修法不是放宽标准，而是给 class C 一条基于**内部** atlas 证据的独立路径（这正是 Cancer Atlas 的用途），否则应删掉该额度。 +- Finding (medium): 两个淘汰（MET、ERBB2）各满足 4/4 类别，仅因竞争否决 FV-06 出局——seed 阶段 C-chain 杀掉的比 T-chain 生物学 Gate 更多。 +- Finding (medium): 决策价值 ≠ 信息可得性。T7/T11/T2/C42/T12 改变了 disposition；T3 与 T10 没有且结构上不能（ADC 靶点不必是 driver，故 T3 阴性不杀 seed；几乎任何表面蛋白都有抗体，故 T10 几乎总过）。填充它们不可误认为进展，此即第四节警告的「退化成数据库工程」。 +- Finding (high): 五类证据永远无法由公开数据关闭——治疗后／耐药灶保留、分布而非均值、内吞通量、单细胞表面拷贝数、原位表位可及性；后两者对每个保留靶点都是决定性的。 +- Finding (medium): 系统过松处仅一处——shedding／soluble antigen 无专属决策点，而它是 CEACAM5、MUC1、MSLN 的既载失败模式，占 17 个 sprint 靶点约 18%。**建议不加 Gate**（拓扑已冻结，冻结价值高于整齐），改为在 T7 下定义显式 shedding 证据 claim class，属 policy 变更、无需契约变更。 +- Gate boundary: 未运行任何 Gate，未赋任何 Gate score；`RETAIN`/`DEFER`/`EXCLUDE` 属 `CandidateFilterResult` 语义，按契约明确不是 Gate 结果；`NOT_EVALUATED` 与 `UNRESOLVED` 全程保留；T0-T12 未执行，45-Gate 拓扑未触碰。 +- Limits stated: **M1 映射对照实际契约文件与 Gate 目录做出、可复核；M3 与 M5 的靶点判断不是**，两者不可等同置信。DPEP1 与 TSPAN8 是为填满 class C 额度纳入、非既有实证且均 DEFER，此举本身即 F-03 的证据。未执行 skeptic review，故 8 个已录入 seed 是待审候选而非推荐。三靶点每类 n=1。 +- Boundary: 本 PR 只提交本条 worklog 与一份 handoff；无任何代码、契约、Gate 拓扑、Model、Profile、生命周期、核心对象或测试变更；未改动 `AGENTS.md`、`ChatGPT-Codex-talk.md`、Phase Gate 协议、`prompts/GPT-Feedback.md`；未改动来源 KB 文件（仅读取）；未改写任何历史条目；未把数据加入仓库。 +- Validation: 207 tests 全部通过（与 `main` 相同）；`scripts/verify_repository_boundary.sh` 通过；`git diff --check` 通过；零 `__pycache__`。六份模块 TSV 列数 9／9／14／7／8／7 各自一致；`source_manifest.json` 为合法 JSON。 +- Governance note: **本 PR 不适用 `AGENTS.md`「审核豁免」**，须经 ChatGPT `APPROVE`。 +- Next: 推送并创建 PR，重点审核授权裁决与「不需要改架构」的结论是否成立。 From 739b22304d5b1c7a604b49514a64203808c878c9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Zhixin Eason Li Date: Tue, 4 Aug 2026 17:18:58 -0400 Subject: [PATCH 2/3] task_20260804: quarantine unauthorised Playbook run per PR #54 review Addresses ChatGPT REQUEST_CHANGES on PR #54. All five findings accepted. External run status changes to UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED. Not accepted: the M2 admission standard, M4 entry conditions, M3 dispositions, M5 stress-test verdicts, M6 findings, and every experimental recommendation. The "no architecture change required" claim is downgraded from a confirmed result to an unverified hypothesis, and the assertion that the monthly architecture repair window was not consumed is withdrawn as also undetermined. The mapping is retained rather than deleted because it was made against the actual contract files and is independently re-checkable, but it must not be cited as settling the architecture question. Derivation quality does not substitute for authorisation. Upstream contamination is named concretely: this run consumed the anchor clinical context from the quarantined PR #53 run, and M5 marked AE-01 MET for all three targets on that basis, so AE-01 cannot be treated as met even if this run is later authorised. Per-file SHA-256 recorded for all nine external artefacts, computed after the quarantine markings. Also records a branch incident: commit 108931b landed on PR #53's branch rather than its own, making #53 and #55 identical and mixing unrelated code into a PR under REQUEST_CHANGES; and the executor's own fix was committed on the wrong branch because the shared working tree moved HEAD between checkout and commit. Nothing incorrect reached any remote. Both branches were split with the human lead's authorisation. Branch name is now asserted before every commit. Co-Authored-By: Claude Opus 5 --- ...2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md | 123 +++++++++++++++++- logs/worklog.md | 20 +++ 2 files changed, 139 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md index 507538f..f8435d8 100644 --- a/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md +++ b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md @@ -1,14 +1,63 @@ # 任务交接备忘：Target-centered ADC Seed Playbook v0.1 实施与压力测试（外部 run 留痕） +> ## 审核裁决与隔离声明（2026-08-04 插入，下方原文一字未删） +> +> ChatGPT 于 2026-08-04 对本 PR 返回 **`REQUEST_CHANGES`**，并指出阻断比 #53 更明确。五条全部接受： +> +> 1. 六模块外部运行无 authorizing PR，且在 **#52、#53 均未批准**时继续执行，**违反依赖工作顺序门禁**。 +> 2. 本次不仅记录结果，还新增了 Seed Admission 决策规则、抗体进入条件、17-target disposition、压力测试 +> 与实验建议，属**实质性外部 policy／analysis 运行**，不能按「审计记录」事后放行。 +> 3. **部分结论依赖未获批准的 #53 运行，单独批准 #54 无法洗净其上游来源。** +> 4. 外部产物缺少逐文件 SHA-256，无法从 GitHub 锁定确切审核对象。 +> 5. **「不需要架构变化」只能作为待审核假设，不能依据未授权运行直接成为已确认结论。** +> +> ### 本次运行状态已改为 `UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED` +> +> **不得作为任何后续工作的输入。** 明确不被接受的内容： +> +> - M2 Seed Admission Standard 的决策规则、类别准则与致命否决； +> - M4 抗体开发进入的 10 条条件； +> - M3 的 17 靶点 disposition； +> - M5 的压力测试判定与 `EXPLORATION`／`HOLD` 决策； +> - M6 的 14 条发现与**全部**实验建议； +> - **M1「不需要架构变化」的结论，已降级为未经验证的假设。** +> +> ### 第 5 条如何处理：降级而非撤回 +> +> 原文把它写成已确认结论，且据此声称「本次不消耗月度架构修复额度」。两处均已更正：结论降为**待审核假设**， +> 并明确写出**月度额度是否被消耗同样未定**，不得以本 run 为据记为未使用。 +> +> 保留而非撤回的理由：该映射是对照真实契约文件与 Gate 目录做出的，可独立复核。但**不得用它作为跳过架构 +> 问题的依据，也不得引用它作为冻结已被论证的证据**。这正是审核第 5 条的要点——推导质量不能替代授权。 +> +> ### 第 3 条：上游污染已具体标出 +> +> 本运行**消费了** #53 运行的 anchor clinical context（MSS/pMMR mCRC 3L+ 与持久缩瘤收益）。M5 的 +> AE-01 正是据此对三个靶点全部标为 `MET`。因此**即使本运行日后单独获得授权，AE-01 也不能视为 MET**； +> 必须先重跑并接受上游运行。已在两份外部 manifest 与两份 handoff 中互相记录。 +> +> ### 解决路径（不走事后追认） +> +> 1. 本 run 隔离为审计证据； +> 2. **先**完成 #52 审计闭环（已于 2026-08-04 合并为 `985edf8`）； +> 3. **再**通过 #53 自己的 contract-only PR 与重跑解决上游运行； +> 4. **然后**为 Playbook 六模块另建独立 contract-only PR，预先冻结范围、规则语义、证据标准与输出验证； +> 5. 获 `APPROVE` 后重新执行。 +> +> 下方为原始交接文本，保留不改，用于对照裁决前后的差异。 + +--- + - 任务编号：`task_20260804_adc-seed-playbook-v0.1` - 分支：`task_20260804_adc-seed-playbook-v0.1`（从 `main` `dcc94a7` 创建） -- 当前状态：`PENDING_CHATGPT_REVIEW` +- 当前状态：`REQUEST_CHANGES_ADDRESSED_PENDING_RE_REVIEW` +- 外部 run 状态：`UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED`（原记为 `draft_pending_repo_review`） - 任务性质：外部运行留痕（audit record for an external run） - 代码变更：`NO_CODE_CHANGE` - Gate 变更：`NO_GATE_CHANGE` - 测试变更：`NO_TEST_CHANGE` - 契约变更：`NO_CONTRACT_CHANGE` -- 架构变更：`NO_ARCHITECTURE_CHANGE`（结论，非假设，见第 3 节） +- 架构变更：`NO_ARCHITECTURE_CHANGE`（~~结论，非假设~~ → **已按审核第 5 条降级为待审核假设**，见顶部裁决声明） **本 PR 不适用 `AGENTS.md`「审核豁免」。** 该豁免只覆盖 `prompts/GPT-Feedback.md`；本 PR 提交的是 handoff 与 worklog，落在允许集合之外，须经 ChatGPT `APPROVE` 后方可合并。 @@ -38,9 +87,12 @@ handoff 与 worklog，落在允许集合之外，须经 ChatGPT `APPROVE` 后方 **M1 将 playbook 完整映射到冻结拓扑，34 行中需要新契约的为 0 行**（32 行 full coverage，2 行 partial）。 +> **本节标题与结论已被 2026-08-04 审核裁决第 5 条降级**（见本文件顶部裁决声明）。它现在是**待审核假设**， +> 不是已确认结论；**月度架构修复额度是否被消耗同样未定**，不得以本 run 为据记为未使用。原文保留以对照。 + 这一点关键，因为架构今日刚冻结、每月只有一次修复额度；而 playbook 自己的第七节也明确说「框架已经足够」、 -当前更高价值的动作是跑通一个真实闭环而不是继续扩框架。两个约束方向一致，M1 是**独立验证**这一致性而非 -假设它。**本次不消耗月度架构修复额度。** +当前更高价值的动作是跑通一个真实闭环而不是继续扩框架。两个约束方向一致。~~本次不消耗月度架构修复额度。~~ +**更正：额度是否被消耗未定**，须待授权重跑后判定。 映射要点： @@ -195,3 +247,66 @@ M4 的 AE-06 内吞**故意设为非阻断**，因为 playbook 明确说只有 - 提交 ChatGPT 审核本 PR，重点为第 2 节授权裁决与第 3 节「不需要改架构」的结论是否成立。 - 获 `APPROVE` 后由人类负责人决定合并。 + +--- + +## 附录 A：外部产物 SHA-256（2026-08-04 补充，回应审核第 4 条） + +在**全部隔离标记写入之后**计算，因此锁定的是被裁决为不接受的这一确切版本，可防静默替换。 + +外部目录： +`/Volumes/Stelligen_SSD/Stelligen/DATA/2.PROJECTS/Stelligen-ADCdev-OS/result/gen_iet_adc_seed_playbook_v0.1_20260804T201605Z/` + +| 文件 | SHA-256 | +|---|---| +| `external_run_worklog.md` | `f550be77ece7537064ae2513667189c1eecf68b6a35dfdf6290cee8d622f7f23` | +| `m1_playbook_to_gate_map.tsv` | `e4e149cbb7a491b4e5fea8b55c8008b9fd05d286bda602d89573cc8bbe747613` | +| `m2_seed_admission_standard.tsv` | `c73029db10ba5c333aacf38c20fcdc92c0cacfe8052f5cd64213fcab66ef654d` | +| `m3_seed_discovery_sprint.tsv` | `bf170cb64f142afbcb913ef6c296e280e5383ce77921523d2251952601b63d72` | +| `m4_antibody_entry_threshold.tsv` | `e0cb309ddf667776c5971ab6047d0924e54f28ff22379e9bd353af55d92dab82` | +| `m5_three_target_stress_test.tsv` | `99d6a837c88cac76e821ec8501f80c9784c1b5d42ebfb289404678d47df6ebc7` | +| `m6_gate_decision_value.tsv` | `ccc1b3d058387d0f06965c23971a001220a62060a6ad556d2da8940472254d3f` | +| `run_report.md` | `15307f3fa46af521d9c297a3fec3da74870ebae3f6199caac3b1e5b2d8339cdf` | +| `source_manifest.json` | `29b0637b0bad928129927c81301ce8d0db49bdd22410d82731c0045ee33a458f` | + +复核命令（在上述目录下执行）：`shasum -a 256 *` + +## 附录 B：本次修订做了什么、没做什么 + +**做了：** + +1. 外部 run `status` 与 `authorisation_status` 改为 `UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED`，新增 + `quarantine` 块，逐条记录五项裁决、不被接受清单、上游污染与解决路径。 +2. `source_manifest.json` 的 `headline_result.status` 改为 `UNVERIFIED_HYPOTHESIS_NOT_CONFIRMED`。 +3. `run_report.md` 头部加入 QUARANTINE NOTICE；标题「The headline result」改为明示其为待审核假设； + 删去「不消耗月度修复额度」的断言；改写 Governance 一节。 +4. 外部 `external_run_worklog.md` 追加 6 条时间戳记录。 +5. 本 handoff 顶部**插入**裁决声明（原文一字未删），正文第 3 节与元数据行加入降级标注，补附录 A 校验和。 +6. `logs/worklog.md` 追加一条记录本次裁决与修订。 + +**没做：** + +- **没有事后追认该 run。** +- **没有撤回 M1 的映射内容**，只降级其效力。映射对照真实文件做出、可独立复核，销毁它会丢失可复核证据； + 但已明确禁止用它作为跳过架构问题或论证冻结的依据。 +- 没有删除任何科学内容。隔离是标注不接受，不是销毁审计材料。 +- **没有创建那两个 contract-only PR**（#53 上游的、以及本 Playbook 六模块的）。它们需要预先冻结范围与 + 语义，属新范围，须另立任务授权；在本 PR 内顺手做掉正是本次被阻断的那类越界。 +- 没有任何代码、契约、Gate 拓扑、Model、Profile、生命周期、核心对象或测试变更。 + +## 附录 C：分支事故与更正（2026-08-04） + +本 PR 送审后、修订期间发生一次分支错置，如实记录： + +- 人类负责人于 16:57 的提交 `108931b`（`target_safety_therapeutic_window_prescreen` GenModule，684 行） + 落在了 **#53 的分支**上，而其自身 worklog 记明本意是「从最新 `origin/main` 创建 + `task_20260804_target-safety-prescreen`」。随后 PR #55 在第二个指向同一提交的分支上创建，导致 + **#53 与 #55 内容完全相同**。 +- 执行者的隔离修订提交也因共享工作树的 HEAD 在 `checkout` 与 `commit` 之间被移动而落在错误分支。 + **未推送到任何远端**（已核验），已先移至保留分支再复位，人类负责人的提交未受损。 +- 经人类负责人授权后拆分：#53 分支重置为 `3a4462d` + 隔离修订（仅审计，2 文件）；#55 分支将 + `108931b` 变基到 `origin/main` 并去掉审计提交（仅模块，9 文件）。两次 `--force-with-lease`。 + 恢复点已留存。 +- 已采纳的预防措施：此后每次 `git add`／`commit` 前断言分支名，不匹配即中止。 +- **另需人类负责人注意**：#55 新增了一个带自有 `contracts.py` 的 GenModule。在今日生效的架构冻结下， + 这属于需要显式提出的架构问题，不宜作为模块新增顺带通过。执行者不代为裁决。 diff --git a/logs/worklog.md b/logs/worklog.md index 67056ae..687cb12 100644 --- a/logs/worklog.md +++ b/logs/worklog.md @@ -2273,3 +2273,23 @@ Purpose: append a detailed timestamped record of what was done, how it was done, - Validation: 207 tests 全部通过（与 `main` 相同）；`scripts/verify_repository_boundary.sh` 通过；`git diff --check` 通过；零 `__pycache__`。六份模块 TSV 列数 9／9／14／7／8／7 各自一致；`source_manifest.json` 为合法 JSON。 - Governance note: **本 PR 不适用 `AGENTS.md`「审核豁免」**，须经 ChatGPT `APPROVE`。 - Next: 推送并创建 PR，重点审核授权裁决与「不需要改架构」的结论是否成立。 + +## 2026-08-04T17:20:00-04:00 — PR #54 审核裁决与隔离修订，及分支事故更正 + +- Review: ChatGPT 对 PR #54 返回 `REQUEST_CHANGES`，并指出阻断比 #53 更明确。五条**全部接受**。 +- Finding 1 accepted: 六模块外部运行无 authorizing PR，且在 #52、#53 均未批准时继续执行，**违反依赖工作顺序门禁**。 +- Finding 2 accepted: 本次不仅记录结果，还新增 Seed Admission 决策规则、抗体进入条件、17-target disposition、压力测试与实验建议，属**实质性外部 policy／analysis 运行**，不能按「审计记录」事后放行。 +- Finding 3 accepted: 部分结论依赖未获批准的 #53 运行，**单独批准 #54 无法洗净其上游来源**。已具体标出污染点：本运行消费了 #53 的 anchor clinical context，M5 的 AE-01 正是据此对三靶点全部标 `MET`，故即使本运行日后获授权，AE-01 也不能视为 MET。 +- Finding 4 accepted: 缺逐文件 SHA-256。已在全部隔离标记写入**之后**计算 9 个文件校验和并写入 handoff 附录 A。 +- Finding 5 accepted: **「不需要架构变化」降级为待审核假设**，不再是已确认结论；`source_manifest.json` 的 `headline_result.status` 改为 `UNVERIFIED_HYPOTHESIS_NOT_CONFIRMED`。同时删去据此得出的「本次不消耗月度架构修复额度」断言，改为**额度是否被消耗未定**。保留映射内容而非撤回，因其对照真实契约文件做出、可独立复核；但明确禁止用它作为跳过架构问题或论证冻结的依据——推导质量不能替代授权。 +- Action: 外部 run 状态改为 **`UNAUTHORIZED_QUARANTINED_NOT_ACCEPTED`**，新增 `quarantine` 块含五项裁决、不被接受清单、上游污染与解决路径；`run_report.md` 加 QUARANTINE NOTICE；外部 worklog 追加 6 条。 +- Not accepted (explicit): M2 决策规则／类别准则／致命否决、M4 十条进入条件、M3 十七靶点 disposition、M5 压力测试判定与决策、M6 十四条发现与全部实验建议、M1 架构结论。**不得作为任何后续工作的输入。** +- Merged: PR #52 已获 `APPROVE` 并以 merge commit `985edf8` 合入 `main`，2026-08-04 的 #46..#51 审计闭环完成。 +- Branch incident, recorded not concealed: 人类负责人 16:57 的提交 `108931b`（`target_safety_therapeutic_window_prescreen` GenModule，684 行）落在了 **#53 的分支**上，而其自身 worklog 记明本意是从最新 `origin/main` 创建独立分支；随后 PR #55 在第二个指向同一提交的分支上创建，导致 **#53 与 #55 内容完全相同**，且给处于 `REQUEST_CHANGES` 的 #53 混入了无关代码（违反第 25 条「不得另起无关变更」）。 +- Executor error: 隔离修订提交因共享工作树的 HEAD 在 `checkout` 与 `commit` 之间被移动而落在错误分支。**未推送到任何远端**（已用 `git branch -r --contains` 核验），已先移至保留分支 `wip_pr53_quarantine_fix` 再复位，人类负责人的提交未受损。执行者应在提交前复核分支而未做。 +- Correction, authorised by human lead: 拆分两个分支。#53 重置为 `3a4462d` + 隔离修订（`da81934`，仅审计 2 文件 +299）；#55 将 `108931b` 变基到 `origin/main` 去掉审计提交（`0fac7c9`，仅模块 9 文件 +684）。两次 `--force-with-lease`；恢复点已留存于 scratchpad。worklog 冲突按「取目标分支基线 + 仅追加本分支应有条目」解决，并断言无残留冲突标记、无跨分支内容泄漏。 +- Prevention adopted: 此后每次 `git add`／`commit` 前断言分支名，不匹配即中止。 +- Flagged for human lead: #55 新增了带自有 `contracts.py` 的 GenModule。在今日生效的架构冻结下，这属于需显式提出的架构问题，不宜作为模块新增顺带通过。执行者不代为裁决。 +- Validation: `#53` 分支 207 tests 通过；`#55` 分支 212 tests 通过；两者 `scripts/verify_repository_boundary.sh` 与 `git diff --check` 均通过；零 `__pycache__`。 +- Deliberately not done: 未事后追认任何 run；未撤回 M1 映射内容（只降级效力）；未删除任何科学内容；**未创建两个 contract-only PR**（#53 上游的、Playbook 六模块的），它们需预先冻结范围与语义、属新范围须另立任务授权。 +- Next: 重新提交 PR #53 与 #54 复审；#55 由人类负责人决定是否单独送审及如何处理其架构问题。 From 8992563f24cd9d2a4703eca06a5539b90ab6b53d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Zhixin Eason Li Date: Tue, 4 Aug 2026 17:57:19 -0400 Subject: [PATCH 3/3] task_20260804: re-measure test count after merging main (228 tests) The handoff recorded 207, the count when this branch was cut from dcc94a7. Merging main, which now carries PR #56's module and tests, makes it 228. Re-measured rather than adjusted to match, and the correction is stated inline rather than silently overwritten. Co-Authored-By: Claude Opus 5 --- docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md | 4 +++- 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md index f8435d8..c04f1c3 100644 --- a/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md +++ b/docs/handoff/2026-08-04-adc-seed-playbook-v0.1.zh-CN.md @@ -216,7 +216,9 @@ M4 的 AE-06 内吞**故意设为非阻断**，因为 playbook 明确说只有 ```text 命令：PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 python3 -B -m unittest discover -s tests -p 'test_*.py' -结果：Ran 207 tests —— OK（与 `main` 相同，本 PR 不含代码或测试变更） +结果：Ran 228 tests —— OK（与 `main` 相同，本 PR 不含代码或测试变更） + +> **测试数已重新实测更正。** 原记 207，为本分支从 `dcc94a7` 切出时的数字；合并 `main`（现含 PR #56 的模块与测试）后实测为 228。按「先重新测量、再写入」处理，未把数字改成看起来一致而未验证的值。 命令：bash scripts/verify_repository_boundary.sh 结果：Repository boundary check passed.