您好,感谢您公开 FFM-Multi-Decoder-Network 的代码,也感谢您此前在 Issues 中提供的说明。
我们正在研究复现论文中的 image-only FFM 插件消融,尤其是 STARE 上 U-Net 从 IoU 66.15 提升至 68.07 的实验。为了确保实现与论文保持一致,希望请您澄清以下问题:
- FFM 输入通道
compute_FFM 生成的 .npy 文件形状为 (2, H, W),其中:
npy[0] 是 FD;
npy[1] 是代码中命名的 Length/FL。
当前 STARE_dataset.py 的 stare_fractal 路径会将:
grayscale image + img_FD + img_FL
堆叠成三通道输入。但在 Issue #7 中,我们理解您的回复可能表示论文中的 FFM image 只对应 npy[0]。
请问论文中 STARE 的 U-Net + FFM 消融实际使用的是:
A. grayscale + npy[0],形状 (2, H, W);
还是:
B. grayscale + npy[0] + npy[1],形状 (3, H, W)?
也请确认准确的通道顺序。
- FFM 预处理参数
请问上述 STARE U-Net + FFM 实验是否使用以下设置:
window_size = 5
step_size = 1
linear_ramp padding
- 对 FD 和 FL 分别执行每张图像的 min-max normalization,然后 standardization
- 原始灰度图先进行 CLAHE,再进行 standardization
对于视网膜图像 FOV 外部区域,是否还有额外的 mask、填充值或裁剪处理?
另外,np.polyfit 出现 RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned 时,论文实验是直接保留计算结果并忽略警告,还是对退化窗口、NaN/Inf 或异常系数进行了额外处理?
3. STARE U-Net + FFM 的准确训练配置
能否请您确认该消融实验对应的:
- 代码 commit/version;
- 数据划分;
- 数据增强方法;
- epochs 和 batch size;
- optimizer、初始 learning rate;
- warm-up steps 和 warm-up 方法;
- random seeds;
- 评估阈值及其选择方式?
- Code license
目前仓库中似乎没有 LICENSE 文件。为了能够合规地复现、修改并在学术研究代码中使用该实现,能否请您为仓库补充一个明确的软件许可证,例如 MIT、BSD 或 Apache-2.0?
如果暂时不方便添加标准 LICENSE,也希望您能明确说明该仓库代码是否允许用于非商业学术研究、修改、发表复现实验结果,以及发布我们的独立适配代码。
非常感谢您的帮助。这些信息将帮助我们准确复现论文中的 FFM image-only 实验,避免因输入通道或预处理协议不同造成结果偏差。
您好,感谢您公开 FFM-Multi-Decoder-Network 的代码,也感谢您此前在 Issues 中提供的说明。
我们正在研究复现论文中的 image-only FFM 插件消融,尤其是 STARE 上 U-Net 从 IoU 66.15 提升至 68.07 的实验。为了确保实现与论文保持一致,希望请您澄清以下问题:
compute_FFM生成的.npy文件形状为(2, H, W),其中:npy[0]是 FD;npy[1]是代码中命名的 Length/FL。当前
STARE_dataset.py的stare_fractal路径会将:grayscale image + img_FD + img_FL堆叠成三通道输入。但在 Issue #7 中,我们理解您的回复可能表示论文中的 FFM image 只对应
npy[0]。请问论文中 STARE 的 U-Net + FFM 消融实际使用的是:
A.
grayscale + npy[0],形状(2, H, W);还是:
B.
grayscale + npy[0] + npy[1],形状(3, H, W)?也请确认准确的通道顺序。
请问上述 STARE U-Net + FFM 实验是否使用以下设置:
window_size = 5step_size = 1linear_ramppadding对于视网膜图像 FOV 外部区域,是否还有额外的 mask、填充值或裁剪处理?
另外,
np.polyfit出现RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned时,论文实验是直接保留计算结果并忽略警告,还是对退化窗口、NaN/Inf 或异常系数进行了额外处理?3. STARE U-Net + FFM 的准确训练配置
能否请您确认该消融实验对应的:
目前仓库中似乎没有
LICENSE文件。为了能够合规地复现、修改并在学术研究代码中使用该实现,能否请您为仓库补充一个明确的软件许可证,例如 MIT、BSD 或 Apache-2.0?如果暂时不方便添加标准 LICENSE,也希望您能明确说明该仓库代码是否允许用于非商业学术研究、修改、发表复现实验结果,以及发布我们的独立适配代码。
非常感谢您的帮助。这些信息将帮助我们准确复现论文中的 FFM image-only 实验,避免因输入通道或预处理协议不同造成结果偏差。