コマンドラインオプションの効果がiniファイルの再読み込みで無効となる

[zmatsuo]

/Vオプションをつけて起動するとts.HideWindow = 1となるが、
iniファイルを読み込みなおすとts.HideWindow = 0となり
想定外の動作となることがあった。 #1347

再読み込みでオプション指定の効果が
無効になるとよくない変数は初期化のタイミングを修正する必要がある。

[nmaya]

設定値を指定する方法として「INI ファイル」と「コマンドライン引数」があります。
「後から指定したものが勝つ」は普通の動きなので、ユーザとしては想定外でもプログラムとしては言われたとおりに動いていると思います。
特別扱いするとして、そうしていること・理由をドキュメントに記載お願いいたします。