From bc157dabfc48bb3171021826d7b541d8f62dcf6a Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 5 Aug 2026 16:28:32 +0000
Subject: [PATCH 1/4] Refactor 2D dataframe assignments to direct vector
 subsetting for performance

---
 .jules/bolt.md |  3 +++
 R/aFIPC.R      | 40 ++++++++++++++++++++--------------------
 2 files changed, 23 insertions(+), 20 deletions(-)

diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md
index 7d3c603..8db35d9 100644
--- a/.jules/bolt.md
+++ b/.jules/bolt.md
@@ -16,3 +16,6 @@
 ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
 **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.
+## 2024-07-13 - R 언어에서 데이터 프레임 값 갱신 시 2차원 인덱싱 O(N) 병목 최적화
+**Learning:** R에서 데이터 프레임의 특정 값을 변경할 때 df[idx, "col"] <- value 방식을 사용하면 내부적으로 [<-.data.frame 메서드가 호출되어 타입/차원 검사 및 전체 데이터 프레임의 메모리 복사 오버헤드가 발생합니다.
+**Action:** 데이터 갱신 시 df$col[idx] <- value와 같이 직접 벡터 부분집합 할당(direct vector assignment)을 사용하면 C-레벨 벡터 갱신을 수행하고 메서드 디스패치 및 전체 메모리 복사를 방지하여 성능을 크게 개선할 수 있습니다.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 6254651..594e249 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -598,15 +598,15 @@ autoFIPC <-
     # Preserve mirt's structural estimability flags. Forcing every row TRUE
     # frees boundary parameters such as 2PL g/u and makes the Hessian unstable.
 
-    NewScaleParms[NewScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE
-    OldScaleParms[OldScaleParms$item == 'GROUP', "est"] <- FALSE
+    NewScaleParms$est[NewScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE
+    OldScaleParms$est[OldScaleParms$item == 'GROUP'] <- FALSE
 
-    NewScaleParms[NewScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE
-    OldScaleParms[OldScaleParms$name == "COV_11", "est"] <- TRUE
+    NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE
+    OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "COV_11"] <- TRUE
 
     if (itemtype == 'Rasch') {
-      NewScaleParms[NewScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[OldScaleParms$name == "a1", "est"] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "a1"] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "a1"] <- FALSE
     }
 
     #IPD
@@ -789,11 +789,11 @@ autoFIPC <-
         message('   Newform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '))
         message('   Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms[oldIdx, "value"], collapse = ' '))
 
-        NewScaleParms[newIdx, "value"] <-
-          OldScaleParms[oldIdx, "value"]
+        NewScaleParms$value[newIdx] <-
+          OldScaleParms$value[oldIdx]
         message('   Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '), '\n')
 
-        NewScaleParms[newIdx, "est"] <-
+        NewScaleParms$est[newIdx] <-
           FALSE
       } else {
         message(
@@ -813,9 +813,9 @@ autoFIPC <-
       newBetaIdx <- NewScaleParms$item == 'BETA'
       oldBetaIdx <- OldScaleParms$item == 'BETA'
 
-      NewScaleParms[newBetaIdx, "value"] <-
-        OldScaleParms[oldBetaIdx, "value"]
-      NewScaleParms[newBetaIdx, "est"] <-
+      NewScaleParms$value[newBetaIdx] <-
+        OldScaleParms$value[oldBetaIdx]
+      NewScaleParms$est[newBetaIdx] <-
         FALSE
 
       message('applying BETA parameter as linking')
@@ -858,13 +858,13 @@ autoFIPC <-
       new_mean11_idx <- NewScaleParms$name == "MEAN_11"
       old_mean11_idx <- OldScaleParms$name == "MEAN_11"
 
-      NewScaleParms[new_cov11_idx, "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[old_cov11_idx, "est"] <- FALSE
-      NewScaleParms[new_mean11_idx, "est"] <- FALSE
-      OldScaleParms[old_mean11_idx, "est"] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[new_cov11_idx] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[old_cov11_idx] <- FALSE
+      NewScaleParms$est[new_mean11_idx] <- FALSE
+      OldScaleParms$est[old_mean11_idx] <- FALSE
 
-      NewScaleParms[new_cov11_idx, "value"] <- 1
-      OldScaleParms[old_mean11_idx, "value"] <- 0
+      NewScaleParms$value[new_cov11_idx] <- 1
+      OldScaleParms$value[old_mean11_idx] <- 0
     }
     if (freeMEAN == T) {
       LinkedModelSyntax <-
@@ -875,8 +875,8 @@ autoFIPC <-
           'MEAN = F1'
         ))
 
-      NewScaleParms[NewScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE
-      OldScaleParms[OldScaleParms$name == "MEAN_1", "est"] <- TRUE
+      NewScaleParms$est[NewScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE
+      OldScaleParms$est[OldScaleParms$name == "MEAN_1"] <- TRUE
     } else {
       LinkedModelSyntax <-
         mirt::mirt.model(paste0(

From f571c871f028dfbed2a2430ac0f7be77362eb343 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 5 Aug 2026 16:53:34 +0000
Subject: [PATCH 2/4] Fix R CMD check by adding .semgrepignore to .Rbuildignore
 and cleanup

---
 .Rbuildignore | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)

diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index 232504f..388f1c6 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -22,3 +22,4 @@
 ^\.jules(/.*)?$
 ^\.trivyignore\.yaml$
 ^trivy\.yaml$
+^\.semgrepignore$

From 82d241e2b303f8ab841f78ca321100167c23e34f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 5 Aug 2026 17:16:32 +0000
Subject: [PATCH 3/4] Update .Rbuildignore to ignore CI artifacts causing Check
 failure

---
 .Rbuildignore  | 2 ++
 .jules/bolt.md | 6 +++---
 R/aFIPC.R      | 4 ++--
 3 files changed, 7 insertions(+), 5 deletions(-)

diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index 388f1c6..7e8e55a 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -23,3 +23,5 @@
 ^\.trivyignore\.yaml$
 ^trivy\.yaml$
 ^\.semgrepignore$
+^actionlint_.*$
+^gitleaks_.*$
diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md
index 8db35d9..7261b17 100644
--- a/.jules/bolt.md
+++ b/.jules/bolt.md
@@ -16,6 +16,6 @@
 ## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
 **Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
 **Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.
-## 2024-07-13 - R 언어에서 데이터 프레임 값 갱신 시 2차원 인덱싱 O(N) 병목 최적화
-**Learning:** R에서 데이터 프레임의 특정 값을 변경할 때 df[idx, "col"] <- value 방식을 사용하면 내부적으로 [<-.data.frame 메서드가 호출되어 타입/차원 검사 및 전체 데이터 프레임의 메모리 복사 오버헤드가 발생합니다.
-**Action:** 데이터 갱신 시 df$col[idx] <- value와 같이 직접 벡터 부분집합 할당(direct vector assignment)을 사용하면 C-레벨 벡터 갱신을 수행하고 메서드 디스패치 및 전체 메모리 복사를 방지하여 성능을 크게 개선할 수 있습니다.
+## 2025-02-13 - R 언어에서 데이터프레임 원소 수정 시 1D 벡터 인덱싱을 통한 최적화
+**Learning:** R에서 데이터 프레임의 일부 원소를 변경할 때 `df[idx, "col"] <- val`와 같은 2D 매트릭스 형태의 인덱싱을 사용하면 내부적으로 복잡한 `[<-.data.frame` 메소드가 호출되어 차원 검사 및 요소 타입 확인 등의 추가적인 오버헤드가 발생하며 성능이 크게 저하됩니다.
+**Action:** 데이터 프레임 원소를 변경할 때는 `df$col[idx] <- val`와 같이 1D 벡터 인덱싱(리스트 추출 후 수정)을 사용하면 `[<-.data.frame` 메소드 호출을 우회하고 벡터 요소에 직접 O(1) 수준으로 빠르게 접근할 수 있으므로, 할당(assignment) 시 이 방식을 강제해야 합니다.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 594e249..bebfe79 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -790,7 +790,7 @@ autoFIPC <-
         message('   Oldform Parms: ', paste(OldScaleParms[oldIdx, "value"], collapse = ' '))
 
         NewScaleParms$value[newIdx] <-
-          OldScaleParms$value[oldIdx]
+          OldScaleParms[oldIdx, "value"]
         message('   Linkedform Parms: ', paste(NewScaleParms[newIdx, "value"], collapse = ' '), '\n')
 
         NewScaleParms$est[newIdx] <-
@@ -814,7 +814,7 @@ autoFIPC <-
       oldBetaIdx <- OldScaleParms$item == 'BETA'
 
       NewScaleParms$value[newBetaIdx] <-
-        OldScaleParms$value[oldBetaIdx]
+        OldScaleParms[oldBetaIdx, "value"]
       NewScaleParms$est[newBetaIdx] <-
         FALSE
 

From 9214102ef5b482546a630160d21342f3893a3116 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Wed, 5 Aug 2026 17:37:32 +0000
Subject: [PATCH 4/4] Fix R CMD check by ignoring hidden files and binaries

---
 .Rbuildignore | 9 +++++++++
 1 file changed, 9 insertions(+)

diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index 7e8e55a..f2463a9 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -25,3 +25,12 @@
 ^\.semgrepignore$
 ^actionlint_.*$
 ^gitleaks_.*$
+^actionlint_.*$
+^gitleaks_.*$
+^gitleaks$
+^actionlint$
+^\.semgrepignore$
+^actionlint_.*$
+^gitleaks_.*$
+^gitleaks$
+^actionlint$